Ini adalah perintah bp_indexp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
bp_index.pl - mengindeks file untuk digunakan oleh bp_fetch.pl
RINGKASAN
bp_index.pl nama_indeks file1 file2 dll.
DESKRIPSI
bp_index.pl membangun indeks bioperl untuk file urutan yang diberikan dalam daftar argumen,
di bawah nama indeks. Sebagai contoh
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
akan membuat indeks bernama 'nrdb' sebagai nama indeks untuk file nrdb.fasta, dan
bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat
akan membangun indeks bernama swiss untuk semua file di /data/swiss yang berakhiran .dat yang
dalam format EMBL.
Indeks dibangun menggunakan modul Bio/Index/*, khususnya, Bio::Index::EMBL dan
modul Bio::Indeks::Fasta. Skrip apa pun yang menggunakan modul ini dapat menggunakan file index. A
contoh skrip yang bagus adalah bp_fetch yang mengambil urutan dan menyalurkannya ke STDOUT, untuk
contoh
bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN
mendapatkan urutan ROA1_HUMAN dari indeks swiss dan menulisnya sebagai format fasta di STDOUT.
PILIHAN
-fmt - Fasta (default), swiss atau EMBL
-dir - direktori tempat file indeks ditemukan
(mengganti variabel lingkungan BIOPERL_INDEX)
Pilihan untuk penggunaan ahli
-Tipe - Tipe DBM_file.
(mengganti variabel lingkungan BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - laporkan setiap penambahan indeks (debugging)
LINGKUNGAN
bp_index dan bp_fetch berkoordinasi di mana basis data berada menggunakan variabel lingkungan
BIOPERL_INDEX. Ini dapat ditimpa menggunakan opsi -dir. Tidak ada nilai default, jadi
anda harus menggunakan opsi -dir atau set BIOPERL_INDEX.
Jenis DB dikoordinasikan dengan BIOPERL_INDEX_TYPE yang jika tidak ada, defaultnya adalah
apa pun modul bioperl yang telah diinstal, yang secara default adalah SDBM_File.
MENGGUNAKAN IT DIRIMU SENDIRI
bp_index.pl adalah skrip yang menggerakkan modul Indeks. Jika Anda ingin menggunakan skrip ini
berat dalam pekerjaan Anda, jika berbasis Perl, hampir pasti lebih baik untuk melihat
kode dalam skrip ini dan salin (mungkin Anda akan lebih ingin menggunakan
kode bp_fetch).
MEMPERPANJANG IT
bp_index hanyalah pembungkus di sekitar modul Indeks James Gilbert yang sangat baik yang ditemukan di bioperl
KOMENTAR
Mailing daftar
Umpan balik pengguna merupakan bagian integral dari evolusi modul ini dan modul Bioperl lainnya. Mengirim
komentar dan saran Anda sebaiknya ke milis Bioperl. Partisipasi Anda
sangat dihargai.
bioperl-l@bioperl.org - Diskusi Umum
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tentang milis
Pelaporan Bug
Laporkan bug ke sistem pelacakan bug Bioperl untuk membantu kami melacak bug dan mereka
resolusi. Laporan bug dapat dikirimkan melalui web:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
PENULIS - ewan Birney
Ewan Birneybirney@ebi.ac.uk>
Gunakan bp_indexp online menggunakan layanan onworks.net