Ini adalah perintah fastaq-filter yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
fastaq_filter - Filter urutan untuk mendapatkan subsetnya
DESKRIPSI
penggunaan: fastaq_filter [opsi]
Filter file urutan menurut panjang urutan dan/atau nama yang cocok dengan ekspresi reguler
posisi argumen:
infile Nama file input yang akan difilter
file keluar
Nama file keluaran
opsional argumen:
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar
--min_panjang INT
Panjang minimum urutan untuk menjaga [0]
--panjang maksimal INT
Panjang maksimum urutan untuk menjaga [inf]
--regex REGEX
Jika diberikan, hanya bacaan dengan nama yang cocok dengan ekspresi reguler yang akan disimpan
--id_file NAMA FILE
Jika diberikan, hanya bacaan yang ID-nya ada di dalam file yang diberikan yang akan digunakan. Satu ID per baris
file.
-v, --membalikkan
Hanya simpan urutan yang tidak cocok dengan filter
pasangan fillet untuk Baca baca pasang pilihan:
--mate_in NAMA FILE
Nama file masukan teman. Jika digunakan, juga harus menyediakan --mate_out
--mate_out NAMA FILE
Nama file keluaran pasangan
--keduanya_teman_lulus
Secara default, jika salah satu pasangan melewati filter, maka keduanya membaca output. Gunakan bendera ini untuk
mengharuskan kedua pembacaan pasangan melewati filter
Gunakan fastaq-filter online menggunakan layanan onworks.net