Ini adalah perintah gmod_gff3_preprocessor.plp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator atau MAC OS online emulator
PROGRAM:
NAMA
$0 - Menyiapkan file GFF3 untuk pemuatan massal ke database chado.
RINGKASAN
% gmod_gff_preprocessor [opsi] --gfffile
GARIS KOMANDO PILIHAN
--gfffile File yang berisi GFF3 (opsional, dapat dibaca
dari stdin)
--outfile Kernel nama yang akan digunakan untuk menamai file hasil
--splitfile Pisahkan file menjadi potongan yang lebih mudah dikelola, dengan menyediakan
argumen untuk mengontrol pemisahan
--onlysplit Pisahkan file dan kemudian keluar (yaitu, jangan urutkan)
--nosplit Jangan pisahkan file (yaitu, hanya urutkan)
--hasrefseq Setel ini jika file berisi baris urutan referensi
(Hanya diperlukan jika tidak membelah file)
--dbprofile Tentukan nama profil gmod.conf (jika tidak gunakan default)
--inheritance_tiers Berapa banyak tingkat warisan yang Anda harapkan dari file ini
untuk memiliki (default: 3)
DESKRIPSI
splitfile -- Menyetel flag ini ke 1 saja akan menyebabkan file dipecah berdasarkan referensi
urutan. Jika Anda memberikan argumen opsional, itu akan dibagi lebih lanjut menurut
aturan ini:
source=1 Memisahkan file sesuai dengan nilai di kolom sumber
source=a,b,c Menempatkan baris dengan sumber yang cocok (melalui ekspresi reguler)
'a', 'b', atau 'c' dalam file terpisah
type=a,b,c Menempatkan baris dengan tipe yang cocok dengan 'a', 'b', atau 'c' dalam a
file terpisah
Misalnya, jika Anda ingin semua hasil analisis Anda disimpan dalam file terpisah, Anda
dapat menunjukkan '--splitfile type=match', dan semua cDNA_match, EST_match dan
fitur cross_genome_match akan masuk ke file terpisah (dipisahkan berdasarkan urutan referensi).
inheritance_tiers -- Jumlah tingkat pewarisan yang dimiliki file ini. Misalnya, jika
file tersebut memiliki gen "dogma sentral" di dalamnya (gen/mRNA/ ekson,polipeptida), kemudian memiliki 3. Naik
ke 4 didukung tetapi semakin tinggi angkanya, semakin lambat kinerjanya. Jika tidak
tahu, 3 adalah tebakan yang masuk akal.
CEPAT urutan
Jika file GFF3 berisi urutan FASTA di akhir, urutannya akan ditempatkan di a
pisahkan file dengan ekstensi '.fasta'. File fasta ini dapat dimuat secara terpisah setelah
file GFF3 split dan/atau diurutkan dimuat, menggunakan perintah:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Gunakan gmod_gff3_preprocessor.plp online menggunakan layanan onworks.net