gmx-anaeig - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-anaeig - Menganalisis vektor eigen/mode normal

RINGKASAN

gmx anaeig [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-v2 [<.trr/.cpt/...>]]
[-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-eig [<.xvg>]] [-eig2 [<.xvg>]]
[-komp [<.xvg>]] [-rmsf [<.xvg>]] [-proyek [<.xvg>]]
[-2d [<.xvg>]] [-3d [<.gro/.g96/...>]]
[-filter [<.xtc/.trr/...>]] [-ekstra [<.xtc/.trr/...>]]
[-lebih [<.xvg>]] [-inpr [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-Anda ] [-[sekarang] [-xvg ]
[-pertama ] [-terakhir ] [-melewati ] [-maks ]
[-nframe ] [-[tidak]terpisah] [-[tidak]entropi]
[-temp ] [-nevskip ]

DESKRIPSI

gmx anaeig menganalisis vektor eigen. Vektor eigen dapat berupa matriks kovarians (gmx
kovar) atau analisis Mode Normal (gmx Nmeig).

Ketika lintasan diproyeksikan pada vektor eigen, semua struktur dipasang ke struktur
dalam file vektor eigen, jika ada, sebaliknya ke struktur dalam file struktur.
Ketika tidak ada file input run yang diberikan, periodisitas tidak akan diperhitungkan. Paling
analisis dilakukan pada vektor eigen -pertama untuk -terakhir, tapi ketika -pertama diatur ke -1 kamu
akan diminta untuk memilih.

-komp: plot komponen vektor per atom vektor eigen -pertama untuk -terakhir.

-rmsf: plot fluktuasi RMS per atom vektor eigen -pertama untuk -terakhir (membutuhkan -eig).

-proyek: menghitung proyeksi lintasan pada vektor eigen -pertama untuk -terakhir. itu
proyeksi lintasan pada vektor eigen dari matriks kovariansnya disebut
komponen utama (pc). Hal ini sering berguna untuk memeriksa isi kosinus dari pc,
karena pc difusi acak adalah cosinus dengan jumlah periode sama dengan setengah
indeks komputer. Isi kosinus dari pc dapat dihitung dengan program gmx
menganalisa.

-2d: hitung proyeksi 2d lintasan pada vektor eigen -pertama dan -terakhir.

-3d: hitung proyeksi 3d lintasan pada tiga vektor eigen pertama yang dipilih.

-filter: menyaring lintasan untuk hanya menunjukkan gerakan di sepanjang vektor eigen -pertama untuk -terakhir.

-ekstra: hitung dua proyeksi ekstrem sepanjang lintasan pada struktur rata-rata
dan interpolasi -nframe bingkai di antara mereka, atau atur ekstrem Anda sendiri dengan -maks. itu
vektor eigen -pertama akan ditulis kecuali -pertama dan -terakhir telah diatur secara eksplisit, dalam
dalam hal ini semua vektor eigen akan ditulis ke file yang terpisah. Pengidentifikasi rantai akan menjadi
ditambahkan saat menulis .pdb file dengan dua atau tiga struktur (Anda dapat menggunakan rasmol -nmrpdb untuk
lihat seperti itu .pdb file).

Tumpang tindih perhitungan antara kovarians analisis
Catatan: analisis harus menggunakan struktur pemasangan yang sama

-lebih: hitung tumpang tindih subruang dari vektor eigen dalam file -v2 dengan vektor eigen
-pertama untuk -terakhir dalam file -v.

-inpr: menghitung matriks produk-dalam antara vektor eigen dalam file -v dan -v2. Semua
eigenvectors dari kedua file akan digunakan kecuali -pertama dan -terakhir telah ditetapkan secara eksplisit.

Ketika -v, -eig, -v2 dan -eig2 diberikan, satu nomor untuk tumpang tindih antara
matriks kovarians dihasilkan. Rumusnya adalah:

selisih = kuadrat(tr((kotak(M1) - kuadrat(M2))^2))
tumpang tindih yang dinormalisasi = 1 - selisih/kuadrat(tr(M1) + tr(M2))
bentuk tumpang tindih = 1 - sqrt(tr((sqrt(M1/tr(M1))) - sqrt(M2/tr(M2)))^2))

di mana M1 dan M2 adalah dua matriks kovarians dan tr adalah jejak suatu matriks. NS
angka sebanding dengan tumpang tindih akar kuadrat dari fluktuasi. NS
tumpang tindih yang dinormalisasi adalah angka yang paling berguna, itu adalah 1 untuk matriks identik dan 0 ketika
subruang sampel adalah ortogonal.

Ketika -entropi flag diberikan perkiraan entropi akan dihitung berdasarkan
Pendekatan kuasiharmonik dan berdasarkan rumus Schlitter.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Lintasan presisi penuh: tr cpt tng

-v2 [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec2.trr) (Opsional)
Lintasan presisi penuh: tr cpt tng

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opsional)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsional)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

-eig [<.xvg>] (eigenval.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-eig2 [<.xvg>] (eigenval2.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-komp [<.xvg>] (eigcomp.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-rmsf [<.xvg>] (eigrmsf.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-proyek [<.xvg>] (proj.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-2d [<.xvg>] (2dproj.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-3d [<.gro/.g96/...>] (3dproj.pdb) (Opsional)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya

-filter [<.xtc/.trr/...>] (difilter.xtc) (Opsional)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-ekstra [<.xtc/.trr/...>] (ekstrim.pdb) (Opsional)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-lebih [<.xvg>] (tumpang tindih.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-inpr [<.xpm>] (inprod.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-Anda (ps)
Satuan untuk nilai waktu: fs, ps, ns, us, ms, s

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-pertama (1)
Vektor eigen pertama untuk analisis (-1 dipilih)

-terakhir (-1)
Vektor eigen terakhir untuk analisis (-1 sampai yang terakhir)

-melewati (1)
Hanya menganalisis setiap frame ke-n

-maks (0)
Maksimum untuk proyeksi vektor eigen pada struktur rata-rata, max=0 memberikan
ekstrem

-nframe (2)
Jumlah bingkai untuk keluaran ekstrem

-[tidak]terpisah (tidak)
Membagi proyeksi vektor eigen di mana waktu adalah nol

-[tidak]entropi (tidak)
Hitung entropi menurut rumus Quasiharmonic atau metode Schlitter.

-temp (298.15)
Suhu untuk perhitungan entropi

-nevskip (6)
Jumlah nilai eigen yang harus dilewati saat menghitung entropi karena harmonik kuasi
perkiraan. Saat Anda melakukan penyesuaian rotasi dan/atau translasi sebelum
analisis kovarians, Anda mendapatkan 3 atau 6 nilai eigen yang sangat mendekati nol, dan
yang seharusnya tidak diperhitungkan saat menghitung entropi.

Gunakan gmx-anaeig online menggunakan layanan onworks.net