gmx-insert-molecules - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-insert-molecules - Masukkan molekul ke dalam lowongan yang ada

RINGKASAN

molekul sisipan gmx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-ini [<.gro/.g96/...>]]
[-aku p [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-kotak ]
[-nmol ] [-mencoba ] [-benih ]
[-radius ] [-skala ] [-dr ]
[-membusuk ]

DESKRIPSI

gmx sisipan-molekul sisipan -nmol salinan dari sistem yang ditentukan dalam -ini berkas masukan.
Penyisipan terjadi baik ke dalam ruang kosong dalam konformasi zat terlarut yang diberikan dengan
-f, atau ke dalam kotak kosong yang diberikan oleh -kotak. Menentukan keduanya -f dan -kotak berperilaku seperti -f, tapi
menempatkan kotak baru di sekitar zat terlarut sebelum penyisipan. Setiap kecepatan yang ada adalah
dibuang.

Secara default, posisi penyisipan adalah acak (dengan seed awal ditentukan oleh -benih). Itu
program berulang sampai -nmol molekul telah dimasukkan ke dalam kotak. Molekul tidak
dimasukkan di mana jarak antara setiap atom yang ada dan setiap atom yang dimasukkan
molekul kurang dari jumlah berdasarkan jari-jari van der Waals kedua atom. Sebuah database
(vdwradii.dat) dari jari-jari van der Waals dibaca oleh program, dan jari-jari yang dihasilkan
diskalakan oleh -skala. Jika jari-jari tidak ditemukan dalam database, atom-atom tersebut diberi
(pra-skala) jarak -radius.

Sebanyak -nmol * -mencoba upaya penyisipan dilakukan sebelum menyerah. Meningkatkan -mencoba jika Anda
memiliki beberapa lubang kecil untuk diisi. Pilihan -membusuk menentukan apakah molekul penyisipan
berorientasi secara acak sebelum upaya penyisipan.

Atau, molekul dapat disisipkan hanya pada posisi yang ditentukan dalam posisi.dat
(-aku p). File itu harus memiliki 3 kolom (x,y,z), yang memberikan perpindahan dibandingkan dengan
posisi molekul masukan (-ini). Oleh karena itu, jika file itu harus berisi absolut
posisi, molekul harus berpusat pada (0,0,0) sebelum menggunakan gmx sisipan-molekul
(misalnya dari gmx editconf -pusat). Komentar dalam file yang dimulai dengan # diabaikan.
pilihan -dr mendefinisikan perpindahan maksimal yang diizinkan selama percobaan penyisipan. -mencoba dan
-membusuk bekerja seperti dalam mode default (lihat di atas).

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (Opsional)
Konfigurasi yang ada untuk dimasukkan ke dalam: gro g96 pdb tapi khususnya tpr

-ini [<.gro/.g96/...>] (masukkan.gro)
Konfigurasi untuk menyisipkan: gro g96 pdb tapi khususnya tpr

-aku p [<.dat>] (posisi.dat) (Opsional)
Posisi percobaan penyisipan yang telah ditentukan sebelumnya

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.gro/.g96/...>] (keluar.gro)
Konfigurasi keluaran setelah penyisipan: gro g96 pdb tapi khususnya

Pilihan lainnya:

-kotak (0 0 0)
Ukuran kotak (dalam nm)

-nmol (0)
Jumlah molekul ekstra untuk dimasukkan

-mencoba (10)
Coba masukkan -nmol kali -mencoba kali

-benih (1997)
Benih generator acak

-radius (0.105)
Jarak standar van der Waals

-skala (0.57)
Faktor skala untuk mengalikan jari-jari Van der Waals dari database di
share/gromacs/top/vdwradii.dat. Nilai default 0.57 menghasilkan kepadatan mendekati
1000 g/l untuk protein dalam air.

-dr (0 0 0)
Perpindahan yang diizinkan dalam x/y/z dari posisi di -aku p fillet

-membusuk
Putar molekul yang dimasukkan secara acak: xyz, z, none

Gunakan gmx-insert-molecules online menggunakan layanan onworks.net