Ini adalah perintah nifti_tool yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
nifti_tool - alat manipulasi serbaguna untuk file NIfTI
RINGKASAN
nifti_tool -bantu tunjukkan bantuan ini
nifti_tool -bantu_hdr tampilkan nifti_1_header info bidang
nifti_tool -bantu_nim tampilkan info bidang nifti_image
nifti_tool -membantu_ana tampilkan info bidang nifti_analyze75
nifti_tool -bantuan_tipe data tampilkan tabel tipe data
nifti_tool -ver tampilkan versi saat ini
nifti_tool -hist tampilkan riwayat modifikasi
nifti_tool -nifti_ver tampilkan versi perpustakaan nifti
nifti_tool -nifti_hist tampilkan sejarah perpustakaan nifti
nifti_tool -dengan_zlib apakah perpustakaan dikompilasi dengan zlib
nifti_tool -cek_hdr -infile f1 ...
nifti_tool -periksa_nim -infile f1 ...
nifti_tool -copy_brick_list -infile f1"[indeks...]"
nifti_tool -copy_collapsed_image I J K T U V W -infile f1
nifti_tool -salin_im -infile f1
nifti_tool -buat_im -awalan new_im.nii
nifti_tool -disp_hdr [-bidang NAMA BIDANG] [...] -infile f1 ...
nifti_tool -disp_nim [-bidang NAMA BIDANG] [...] -infile f1 ...
nifti_tool -disp_ana [-bidang NAMA BIDANG] [...] -infile f1 ...
nifti_tool -disp_exts -infile f1 ...
nifti_tool -disp_ts I J K [-dci_lines] -infile f1 ...
nifti_tool -disp_ci I J K T U V W [-dci_lines] -infile f1 ...
nifti_tool -mod_hdr [-mod_field NAMA BIDANG BARU_VAL] [...] -infile f1
nifti_tool -mod_nim [-mod_field NAMA BIDANG BARU_VAL] [...] -infile f1
nifti_tool -swap_as_nifti -timpa -infile f1
nifti_tool -swap_as_analyze -timpa -infile f1
nifti_tool -swap_as_old -timpa -infile f1
nifti_tool -tambahkan_afni_ext "perpanjangan in kutipan" [...] -infile f1
nifti_tool -tambahkan_komentar_ekst "perpanjangan in kutipan" [...] -infile f1
nifti_tool -tambahkan_komentar_ekst "mengajukan FILENAME" [...] -infiles f1
nifti_tool -rm_ext INDEKS [...] -infile f1 ...
nifti_tool -strip_ekstra -infile f1 ...
nifti_tool -diff_hdr [-bidang NAMA BIDANG] [...] -infile f1 f2
nifti_tool -diff_nim [-bidang NAMA BIDANG] [...] -infile f1 f2
DESKRIPSI
Alat ini bisa
menampilkan, memodifikasi, atau membandingkan struktur nifti dalam kumpulan data
salin kumpulan data dengan memilih daftar volume dari aslinya
salin kumpulan data, ciutkan dimensi apa pun, masing-masing ke satu indeks
menampilkan deret waktu untuk voxel, atau lebih umum lagi, data dari semua yang diciutkan
gambar, dalam teks ASCII
Program ini dapat digunakan untuk menampilkan informasi dari kumpulan data nifti, untuk mengubah informasi
dalam kumpulan data nifti, untuk mencari perbedaan antara dua kumpulan data nifti (seperti UNIX
perintah "diff"), dan untuk menyalin kumpulan data ke yang baru, baik dengan membatasi dimensi apa pun,
atau dengan menyalin daftar volume (dimensi waktu) dari kumpulan data.
Hanya satu jenis tindakan yang diperbolehkan, misalnya seseorang tidak dapat mengubah kumpulan data dan kemudian mengambil "diff".
seseorang dapat menampilkan
salah satu atau semua bidang dalam struktur nifti_1_header
salah satu atau semua bidang dalam struktur nifti_image
salah satu atau semua bidang dalam struktur nifti_analyze75
ekstensi dalam struktur nifti_image
deret waktu dari dataset 4-D, diberikan i,j,k
data dari gambar yang diciutkan, diberikan redup. Daftar
seseorang dapat memeriksa
lakukan pemeriksaan internal pada struct nifti_1_header (oleh nifti_hdr_looks_good())
lakukan pemeriksaan internal pada struct nifti_image (oleh nifti_nim_is_valid())
seseorang dapat memodifikasi
salah satu atau semua bidang dalam struktur nifti_1_header
salah satu atau semua bidang dalam struktur nifti_image
tukar semua bidang dalam struktur header NIFTI atau ANALISIS tambahkan/rm - salah satu atau semua
ekstensi dalam struktur nifti_image hapus - semua ekstensi dan deskripsi
dari kumpulan data
seseorang dapat membandingkan
salah satu atau semua pasangan bidang struktur nifti_1_header
salah satu atau semua pasangan bidang struktur nifti_image
seseorang dapat menyalin
daftar arbitrer volume dataset (titik waktu)
kumpulan data, runtuh melintasi dimensi arbitrer (membatasi dimensi tersebut ke
indeks yang diberikan)
seseorang dapat membuat
kumpulan data baru dari ketiadaan
Catatan: untuk mempelajari tentang bidang mana yang ada di salah satu struktur, atau untuk mempelajari bidang
jenis, ukuran setiap elemen, atau jumlah elemen di bidang, gunakan salah satu dari
opsi "-help_hdr", atau opsi "-help_nim". Tidak ada opsi lebih lanjut yang diperlukan.
PILIHAN
Memeriksa Pilihan
-cek_hdr : periksa struct nifti_1_header yang valid
Tindakan ini digunakan untuk memeriksa struktur nifti_1_header untuk masalah. NS
fungsi nifti_hdr_looks_good() digunakan untuk pengujian, dan saat ini memeriksa:
redup[], sizeof_hdr, sihir, tipe data
Lebih banyak tes dapat diminta dari penulis.
misalnya melakukan pemeriksaan pada header beberapa dataset nifti_tool -check_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii nifti_tool -check_hdr -infiles *.nii *.hdr
misalnya tambahkan opsi -quiet, sehingga hanya kesalahan yang dilaporkan nifti_tool -check_hdr -quiet
-infile *.nii *.hdr
-periksa_nim : periksa struct nifti_image yang valid
Tindakan ini digunakan untuk memeriksa struktur nifti_image untuk masalah. Ini diuji melalui
baik nifti_convert_nhdr2nim() dan nifti_nim_is_valid(), meskipun fungsi lain dipanggil
di bawah mereka, tentu saja. Pemeriksaan saat ini adalah:
redup[], sizeof_hdr, tipe data, fname, iname, nifti_type
Perhatikan bahwa pembuatan struktur nifti_image bergantung pada bidang header yang baik. Jadi kesalahan
adalah terminal, artinya pemeriksaan ini mungkin akan melaporkan paling banyak satu kesalahan, bahkan jika lebih
ada. NS -cek_hdr tindakan lebih lengkap.
Lebih banyak tes dapat diminta dari penulis.
misalnya nifti_tool -check_nim -infiles dset0.nii dset1.nii misalnya nifti_tool -check_nim
-infile *.nii *.hdr
membuat Pilihan
-buat_im : buat kumpulan data baru dari nol
Dengan ini pengguna dapat membuat kumpulan data baru dengan gaya dasar, yang kemudian dapat dimodifikasi
dengan pilihan lain. Ini akan membuat data yang diisi nol dengan ukuran yang sesuai.
Standarnya adalah gambar celana pendek 1x1x1. Pengaturan ini dapat dimodifikasi dengan -new_dim
opsi, untuk mengatur nilai 8 dimensi, dan -new_datatype, untuk menyediakan tipe integral
untuk datanya.
Lihat -new_dim, -new_datatype dan -infiles untuk informasi lebih lanjut.
Perhatikan bahwa setiap -infiles dataset dengan nama MAKE_IM juga akan dibuat dengan cepat.
-baru_dim D0 .. D7 : tentukan array redup untuk dataset baru.
misalnya -new_dim 4 64 64 27 120 0 0 0
Daftar dimensi ini akan berlaku untuk setiap kumpulan data yang dibuat melalui MAKE_IM atau -make_im. Semua 8
nilai-nilai diperlukan. Ingatlah bahwa D0 adalah jumlah dimensi, dan D1 hingga D7 adalah
ukuran.
-tipe_data baru TYPE : tentukan array redup untuk dataset baru.
misalnya -new_datatype 16 default: -new_datatype 4 (pendek)
Daftar dimensi ini akan berlaku untuk setiap kumpulan data yang dibuat melalui MAKE_IM atau -make_im. TIPE
harus menjadi salah satu nomor NIFTI_TYPE_*, dari nifti1.h.
Copy Pilihan
-copy_brick_list : salin daftar volume ke kumpulan data baru
-cbl : (bentuk alternatif yang lebih pendek)
-salin_im : (bentuk alternatif yang lebih pendek)
Tindakan ini memungkinkan pengguna untuk menyalin daftar volume (dari waktu ke waktu) dari satu kumpulan data ke
lain. Volume yang terdaftar dapat dalam urutan apa pun dan berisi pengulangan, tetapi tentu saja
terbatas pada himpunan nilai {1, 2, ..., nt-1}, dari dimensi 4.
Opsi ini adalah bendera. Daftar indeks ditentukan dengan dataset input, yang terkandung dalam
tanda kurung siku. Perhatikan bahwa tanda kurung siku khusus untuk sebagian besar shell UNIX, jadi mereka
harus terkandung dalam tanda kutip tunggal. Sintaks daftar indeks:
catatan:
indeks mulai dari nol
indeks berakhir di nt-1, yang memiliki simbol khusus "$"
indeks tunggal harus dipisahkan dengan koma, "," misalnya -infiles
dset0.nii"[0,3,8,5,2,2,2]"
rentang dapat ditentukan menggunakan ".." atau "-" misalnya -infiles dset0.nii"[2..95]" misalnya
-infiles dset0.nii"[2..$]"
rentang mungkin memiliki nilai langkah, ditentukan dalam () contoh: 2 hingga 95 dengan langkah
3, yaitu {2,5,8,11,...,95} misalnya -infiles dset0.nii"[2 95 ..(3)]"
Fungsionalitas ini hanya berlaku untuk kumpulan data 3 atau 4 dimensi.
misalnya untuk menyalin kumpulan data: nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii
misalnya untuk menyalin sub-bata 0 dan 7: nifti_tool -cbl -prefix new_07.nii -infiles
dset0.nii"[0,7]"
misalnya untuk menyalin seluruh dataset: nifti_tool -cbl -prefix new_all.nii -infiles
dset0.nii"[0..$]"
misalnya untuk menyalin setiap titik waktu lainnya, melewatkan tiga yang pertama: nifti_tool -cbl -prefix
new_partial.nii -infile dset0.nii"[3..$(2)]"
-copy_collapsed_image ... : salin daftar volume ke kumpulan data baru
-cci IJKTUVW : (bentuk alternatif yang lebih pendek)
Tindakan ini memungkinkan pengguna untuk menyalin kumpulan data yang diciutkan, di mana beberapa dimensi berada
diciutkan ke indeks tertentu. Misalnya, dimensi X dapat diciutkan menjadi i=42, dan
dimensi waktu dapat diciutkan menjadi t=17. Untuk menciutkan dimensi, setel Di ke
indeks yang diinginkan, di mana saya berada di {0..ni-1}. Dimensi apa pun yang tidak boleh runtuh harus
terdaftar sebagai -1.
Sejumlah dimensi (yang valid) dapat diciutkan, bahkan hingga satu nilai, dengan
menentukan indeks yang cukup valid. Dataset yang dihasilkan kemudian akan berkurang jumlah
dimensi non-sepele.
Asumsikan dset0.nii memiliki nim->dim[8] = { 4, 64, 64, 21, 80, 1, 1, 1 }. Perhatikan bahwa ini adalah
kumpulan data 4 dimensi.
misalnya salin deret waktu untuk voxel i,j,k = 5,4,17 nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1
-awalan new_5_4_17.nii
misalnya membaca volume tunggal pada titik waktu 26 nifti_tool -cci -1 -1 -1 26 -1 -1 -1 -prefix
baru_t26.nii
Asumsikan dset1.nii memiliki nim->dim[8] = { 6, 64, 64, 21, 80, 4, 3, 1 }. Perhatikan bahwa ini adalah
kumpulan data 6 dimensi.
misalnya salin semua deret waktu untuk voxel i,j,k = 5,0,17, dengan v=2 (dan tambahkan perintah ke
sejarah) nifti_tool -cci 5 0 17 -1 -1 2 -1 -keep_hist -awalan baru_5_0_17_2.nii
misalnya menyalin semua data di mana i=3, j=19 dan v=2 (Saya tidak mengklaim tahu alasan yang baik untuk melakukannya
ini) nifti_tool -cci 3 19 -1 -1 -1 2 -1 -prefix new_mess.nii
Lihat "-disp_ci" untuk informasi lebih lanjut (yang menampilkan/mencetak data, bukan menyalinnya
ke kumpulan data baru).
Display Pilihan
-disp_hdr : tampilkan bidang nifti_1_header untuk kumpulan data
Bendera ini berarti pengguna ingin melihat beberapa bidang nifti_1_header dalam satu atau lebih
kumpulan data nifti. Pengguna mungkin ingin menentukan beberapa opsi "-bidang" bersama dengan ini.
Opsi ini memerlukan satu atau lebih input file, melalui "-infiles".
Jika tidak ada opsi "-bidang", semua bidang akan ditampilkan.
misalnya untuk menampilkan konten semua bidang: nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii
misalnya untuk menampilkan konten bidang yang dipilih: nifti_tool -disp_hdr -field dim -infiles
dset0.nii nifti_tool -disp_hdr -bidang redup -deskripsi bidang -infiles dset0.nii
-disp_nim : menampilkan bidang nifti_image untuk kumpulan data
Opsi bendera ini bekerja dengan cara yang sama seperti opsi "-disp_hdr", kecuali bahwa bidang di
pertanyaan berasal dari struktur nifti_image.
-disp_ana : tampilkan bidang nifti_analyze75 untuk kumpulan data
Opsi bendera ini bekerja dengan cara yang sama seperti opsi "-disp_hdr", kecuali bahwa bidang di
pertanyaan berasal dari struktur nifti_analyze75.
-disp_exts : menampilkan semua ekstensi tipe AFNI
Opsi bendera ini digunakan untuk menampilkan semua data nifti_1_ekstensi, hanya untuk ekstensi tersebut
bertipe AFNI (kode = 4). Satu-satunya opsi lain yang digunakan adalah "-infiles".
misalnya untuk menampilkan ekstensi dalam kumpulan data: nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii
-disp_ts IJK : menampilkan deret waktu ASCII pada i,j,k = I,J,K
Opsi ini digunakan untuk menampilkan data deret waktu untuk voxel pada indeks i,j,k I,J,K.
Data ditampilkan dalam teks, baik semua dalam satu baris (default), atau sebagai satu nomor per
baris (melalui opsi "-dci_lines").
Catatan:
Fungsi ini hanya berlaku untuk kumpulan data 4 dimensi.
Opsi "-quiet" dapat digunakan untuk menekan header teks, hanya menyisakan data.
Opsi ini kependekan dari penggunaan "-disp_ci" (tampilkan gambar yang diciutkan), terbatas pada
kumpulan data 4 dimensi. yaitu: -disp_ci IJK -1 -1 -1 -1
misalnya untuk menampilkan deret waktu di voxel 23, 0, 172: nifti_tool -disp_ts 23 0 172
-infiles dset1_time.nii nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -dci_lines -infiles dset1_time.nii
nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -tenang -infiles dset1_time.nii
-disp_collapsed_image : menampilkan nilai ASCII untuk kumpulan data yang diciutkan
-disp_ci IJKTUVW : (bentuk alternatif yang lebih pendek)
Opsi ini digunakan untuk menampilkan semua data dari gambar yang diciutkan, mengingat dimensinya
Daftar. Data ditampilkan dalam teks, baik semua dalam satu baris (default), atau sebagai satu
nomor per baris (dengan menggunakan tanda "-dci_lines").
Opsi "-quiet" dapat digunakan untuk menekan header teks.
misalnya untuk menampilkan deret waktu di voxel 23, 0, 172: nifti_tool -disp_ci 23 0 172 -1 0 0 0
-infile dset1_time.nii
misalnya untuk menampilkan z-slice 14, pada waktu t=68: nifti_tool -disp_ci -1 -1 14 68 0 0 0 -infiles
dset1_time.nii
Lihat "-ccd" untuk informasi lebih lanjut, yang menyalin data tersebut ke kumpulan data baru, bukan
mencetaknya ke jendela terminal.
Modifikasi Pilihan
-mod_hdr : ubah bidang nifti_1_header untuk kumpulan data
Tindakan ini digunakan untuk memodifikasi beberapa bidang nifti_1_header dalam satu atau beberapa kumpulan data.
Pengguna harus menentukan daftar bidang yang akan dimodifikasi melalui satu atau lebih opsi "-mod_field",
yang menyertakan nama bidang, bersama dengan nilai (kumpulan) baru.
Pengguna dapat memodifikasi kumpulan data yang ada, atau menggunakan "-prefix" untuk menghasilkan kumpulan data baru, untuk
mana perubahan telah diterapkan. Disarankan untuk biasanya menggunakan "-prefix"
pilihan, agar tidak merusak dataset.
Perhatikan bahwa beberapa bidang memiliki panjang lebih besar dari 1, yang berarti bahwa bidang tersebut adalah larik dari
angka, atau serangkaian karakter. Untuk mengubah array angka, pengguna harus
memberikan jumlah nilai yang benar, dan memuat nilai-nilai itu dalam tanda kutip, sehingga
dilihat sebagai pilihan tunggal.
Untuk mengubah bidang string, masukkan string dalam tanda kutip.
Opsi "-mod_field" mengambil field_name dan daftar nilai.
misalnya untuk mengubah konten berbagai bidang:
nifti_tool -mod_hdr -awalan dnew -infiles dset0.nii -mod_field qoffset_x -17.325
nifti_tool -mod_hdr -awalan dnew -infiles dset0.nii -mod_field redup "4 64 64 20 30 1 1 1
1"
nifti_tool -mod_hdr -awalan dnew -infiles dset0.nii -mod_field deskripsikan "bir, anak nakal, dan
keju, mmmmm..."
misalnya untuk mengubah konten beberapa bidang: nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles
dset0.nii -mod_field qoffset_x -17.325 -mod_field irisan_mulai 1
misalnya untuk mengubah konten beberapa file (harus menimpa): nifti_tool -mod_hdr
-timpa -mod_field qoffset_x -17.325 -infile dset0.nii dset1.nii
-mod_nim : memodifikasi bidang nifti_image untuk kumpulan data
Opsi tindakan ini digunakan dengan cara yang sama seperti "-mod_hdr" digunakan, kecuali bidang di
pertanyaan berasal dari struktur nifti_image.
-strip_ekstra : hapus ekstensi dan deskripsi dari kumpulan data
Tindakan ini digunakan untuk mencoba "membersihkan" kumpulan data teks umum, untuk membuatnya
lebih anonim. Ekstensi dan bidang deskripsi nifti_image dihapus oleh tindakan ini.
misalnya untuk menghapus semua *.nii dataset di direktori ini: nifti_tool -strip -overwrite -infiles
*.nii
-swap_as_nifti : tukar header sesuai nifti_1_header
Mungkin header NIfTI salah format, dan pengguna secara eksplisit ingin menukarnya sebelumnya
melakukan operasi lainnya. Tindakan ini akan menukar byte bidang dengan asumsi
bahwa header dalam format NIfTI.
** Tindakan yang disarankan adalah membuat salinan kumpulan data dan menimpa
tajuk melalui -timpa. Jika tajuk membutuhkan operasi seperti itu, kemungkinan datanya
sebaliknya tidak akan dibaca dengan benar.
-swap_as_analyze : tukar header menurut nifti_analyze75
Mungkin header ANALYZE salah format, dan pengguna secara eksplisit ingin menukarnya sebelumnya
melakukan operasi lainnya. Tindakan ini akan menukar byte bidang dengan asumsi
bahwa header dalam format ANALYZE 7.5.
** Tindakan yang disarankan adalah membuat salinan kumpulan data dan menimpa
tajuk melalui -timpa. Jika tajuk membutuhkan operasi seperti itu, kemungkinan datanya
sebaliknya tidak akan dibaca dengan benar.
-swap_as_old : tukar header menggunakan metode lama
Pada versi perpustakaan 1.35 (3 Agustus 2008), nifticlib sekarang menukar semua bidang NIfTI
set data (termasuk yang TIDAK DIGUNAKAN), dan menukar set data ANALISIS sesuai dengan
struktur nifti_analyze75. Ini adalah perbedaan yang signifikan dalam kasus ANALISIS
dataset.
Opsi -swap_as_old telah ditambahkan untuk membandingkan hasil dari metode swapping, atau untuk
batalkan satu metode swapping dan ganti dengan yang lain (seperti membatalkan metode lama dan
menerapkan yang baru).
Menambahkan, menghapus Pilihan
-tambahkan_afni_ext EXT : tambahkan ekstensi AFNI ke dataset
Opsi ini digunakan untuk menambahkan ekstensi tipe AFNI ke satu atau beberapa kumpulan data. Opsi ini mungkin
digunakan lebih dari sekali untuk menambahkan lebih dari satu ekstensi.
Jika EXT berbentuk "file:FILENAME", maka ekstensi akan dibaca dari file tersebut,
NAMA FILE.
Opsi "-prefix" disarankan, untuk membuat kumpulan data baru. Dalam kasus seperti itu, hanya
file tunggal dapat diambil sebagai input. Menggunakan "-overwrite" memungkinkan pengguna untuk menimpa
file saat ini, atau untuk menambahkan ekstensi ke beberapa file, menimpanya.
misalnya untuk menambahkan ekstensi AFNI generik: nifti_tool -add_afni_ext "wow, ekstensi pertama saya"
-awalan dnew -infile dset0.nii
misalnya untuk menambahkan beberapa ekstensi AFNI: nifti_tool -add_afni_ext "wow, ekstensi pertama saya
:)" -tambahkan_afni_ext "lihat, yang kedua..." -awalan dnew -infiles dset0.nii
misalnya untuk menambahkan ekstensi, dan menimpa kumpulan data: nifti_tool -add_afni_ext "beberapa AFNI
ekstensi" -menimpa -infile dset0.nii dset1.nii
-tambahkan_komentar_ekst EXT : tambahkan ekstensi COMMENT ke dataset
Opsi ini digunakan untuk menambahkan ekstensi tipe COMMENT ke satu atau beberapa kumpulan data. Pilihan ini
dapat digunakan lebih dari sekali untuk menambahkan lebih dari satu ekstensi. Opsi ini juga dapat digunakan
dengan "-add_afni_ext".
Jika EXT berbentuk "file:FILENAME", maka ekstensi akan dibaca dari file tersebut,
NAMA FILE.
Opsi "-prefix" disarankan, untuk membuat kumpulan data baru. Dalam kasus seperti itu, hanya
file tunggal dapat diambil sebagai input. Menggunakan "-overwrite" memungkinkan pengguna untuk menimpa
file saat ini, atau untuk menambahkan ekstensi ke beberapa file, menimpanya.
misalnya untuk menambahkan komentar tentang kumpulan data: nifti_tool -add_comment "dikonversi dari
MY_AFNI_DSET+asal" -awalan baru -infile dset0.nii
misalnya untuk menambahkan beberapa ekstensi: nifti_tool -add_comment "tambahkan ekstensi komentar"
-tambahkan_afni_ext "dan ekstensi gaya XML AFNI" -Tambahkan komentar "set data disalin dari
dset0.nii" -awalan dnew -infiles dset0.nii
-rm_ext INDEX : hapus ekstensi yang diberikan oleh INDEX
Opsi ini digunakan untuk menghapus ekstensi tunggal dari kumpulan data. Beberapa ekstensi
membutuhkan banyak pilihan.
catatan - indeks ekstensi dimulai dengan 0 (nol)
untuk melihat ekstensi saat ini, lihat "-disp_exts"
semua ekstensi dapat dihapus menggunakan ALL atau -1 untuk INDEX
misalnya untuk menghapus ekstensi #0: nifti_tool -rm_ext 0 -overwrite -infiles dset0.nii
misalnya untuk menghapus SEMUA ekstensi: nifti_tool -rm_ext ALL -prefix dset1 -infiles dset0.nii
nifti_tool -rm_ext -1 -awalan dset1 -infiles dset0.nii
misalnya untuk menghapus ekstensi #2, #3 dan #5: nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext 3 -rm_ext 5
-timpa -infile dset0.nii
Perbedaan Pilihan
-diff_hdr : menampilkan perbedaan bidang header antara dua set data
Opsi ini digunakan untuk menemukan perbedaan antara dua kumpulan data. Jika ada bidang yang
berbeda, konten bidang tersebut ditampilkan (kecuali opsi "-quiet" digunakan).
Daftar bidang dapat ditentukan dengan menggunakan beberapa opsi "-bidang". Jika tidak ada "-bidang"
pilihan diberikan, semua bidang akan diperiksa.
Tepat dua nama set data harus diberikan melalui "-infiles".
misalnya untuk menampilkan semua perbedaan bidang nifti_1_header: nifti_tool -diff_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii
misalnya untuk menampilkan perbedaan bidang nifti_1_header yang dipilih: nifti_tool -diff_hdr -bidang redup
-bidang intent_code -infile dset0.nii dset1.nii
-diff_nim : menampilkan perbedaan bidang nifti_image antar kumpulan data
Opsi ini berfungsi sama dengan "-diff_hdr", kecuali bahwa bidang yang dimaksud berasal dari
struktur nifti_image.
bermacam-macam Pilihan
-debug LEVEL: atur tingkat debug
Level 0 akan mencoba beroperasi tanpa output layar, tetapi error. Tingkat 1 adalah
bawaan. Level 2 dan 3 memberikan lebih banyak informasi secara progresif.
misalnya -debug 2
-bidang FIELDNAME : menyediakan bidang untuk dikerjakan
Opsi ini digunakan untuk menyediakan bidang untuk ditampilkan, diubah, atau dibandingkan. Opsi ini dapat
digunakan bersama dengan salah satu opsi tindakan yang disajikan di atas.
Lihat "-disp_hdr", di atas, untuk contoh lengkapnya.
misalnya nifti_tool -deskripsi bidang misalnya nifti_tool -deskripsi bidang -bidang redup
-infile file0... : berikan daftar file untuk dikerjakan
Parameter ini diperlukan untuk tindakan apa pun, untuk memberikan daftar file ke
proses. Jika nama file input tidak memiliki ekstensi, direktori yang kami cari
file yang sesuai (seperti .nii atau .hdr).
Catatan: jika nama file memiliki bentuk MAKE_IM, maka kumpulan data baru akan dibuat, tanpa
kebutuhan untuk input file.
Lihat "-mod_hdr", di atas, untuk contoh lengkapnya.
misalnya nifti_tool -infiles file0.nii misalnya nifti_tool -infiles file1.nii file2 file3.hdr
-mod_field NAMA "VALUE_LIST" : memberikan nilai baru untuk bidang
Parameter ini diperlukan untuk tindakan modifikasi apa pun. Jika pengguna ingin memodifikasi
bidang apa pun dari kumpulan data, di sinilah bidang dan nilai ditentukan.
NAME adalah nama bidang (baik dalam struktur nifti_1_header atau nifti_image
struktur). Jika opsi tindakan adalah "-mod_hdr", maka NAME harus nama a
nifti_1_bidang header. Jika tindakannya adalah "-mod_nim", NAMA harus dari nifti_image
struktur.
VALUE_LIST harus berupa satu atau beberapa nilai, sebanyak yang diperlukan untuk bidang, yang terdapat di
kutipan jika lebih dari satu disediakan.
Gunakan "nifti_tool -help_hdr" untuk mendapatkan daftar bidang nifti_1_header Gunakan "nifti_tool
-help_nim" untuk mendapatkan daftar bidang nifti_image
Lihat "-mod_hdr", di atas, untuk contoh lengkapnya.
misalnya memodifikasi bidang nifti_1_header: -mod_field deskripsikan "toga, toga, toga"
-mod_field qoffset_x 19.4 -mod_bidang qoffset_z -11
-mod_field pixdim "1 0.9375 0.9375 1.2 1 1 1 1"
-keep_hist : tambahkan perintah sebagai KOMENTAR (ke "riwayat")
Ketika opsi ini digunakan, perintah saat ini akan ditambahkan sebagai tipe NIFTI_ECODE_COMMENT
perpanjangan. Ini memberikan kemampuan untuk menyimpan riwayat perintah yang memengaruhi kumpulan data.
misalnya -keep_hist
-timpa : setiap modifikasi akan dilakukan untuk memasukkan file
Opsi ini digunakan agar semua modifikasi bidang, termasuk penambahan ekstensi atau
penghapusan, akan dilakukan terhadap file-file yang diinput.
Secara umum, pengguna disarankan untuk menggunakan opsi "-prefix" untuk membuat file baru. Tetapi
jika menimpa konten file input lebih disukai, inilah cara melakukannya.
Lihat "-mod_hdr" atau "-add_afni_ext", di atas, untuk contoh lengkapnya.
misalnya -timpa
-awalan : tentukan file output untuk menulis perubahan
Opsi ini digunakan untuk menentukan file keluaran yang akan ditulis, setelah modifikasi dilakukan
dibuat. Jika modifikasi sedang dilakukan, maka "-prefix" atau "-overwrite" diperlukan.
Jika tidak ada ekstensi yang diberikan, ekstensi keluaran akan menjadi ".nii".
misal -prefix new_dset misal -prefix new_dset.nii misal -prefix new_dset.hdr
-diam : hanya melaporkan kesalahan atau informasi yang diminta
Opsi ini setara dengan "-debug 0".
Bantuan Pilihan
-bantu : tunjukkan bantuan ini
misalnya nifti_tool -help
-bantu_hdr : tampilkan info bidang nifti_1_header
misalnya nifti_tool -help_hdr
-bantu_nim : tampilkan info bidang nifti_image
misalnya nifti_tool -help_nim
-membantu_ana : tampilkan info lapangan nifti_analyze75
misalnya nifti_tool -help_ana
-bantuan_tipe data [TYPE] : menampilkan tabel tipe data
misalnya nifti_tool -help_datatypes misalnya nifti_tool -help_datatypes N
Ini menampilkan isi tabel nifti_type_list. Tambahan "D" atau "N"
parameter akan membatasi nama jenis menjadi nama "DT_" atau "NIFTI_TYPE_", "T" akan menguji.
-ver : tunjukkan nomor versi program
misalnya nifti_tool -ver
-hist : tampilkan riwayat modifikasi program
misalnya nifti_tool -hist
-nifti_ver : tunjukkan nomor versi perpustakaan nifti
misalnya nifti_tool -nifti_ver
-nifti_hist : tampilkan riwayat modifikasi perpustakaan nifti
misalnya nifti_tool -nifti_hist
-dengan_zlib : cetak apakah perpustakaan dikompilasi dengan zlib
misalnya nifti_tool -with_zlib
CONTOH
A. pemeriksaan Header (Untuk masalah):
1. nifti_tool -check_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii 2. nifti_tool -check_hdr -infiles
*.nii *.hdr 3. nifti_tool -check_hdr -tenang -infiles *.nii *.hdr
B. Menunjukkan Header perbedaan:
1. nifti_tool -diff_hdr -field redup -field intent_code -infile dset0.nii dset1.nii
2. nifti_tool -diff_hdr -new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -infile my_dset.nii MAKE_IM
C. pameran struktur or bidang:
1. nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii 2. nifti_tool -disp_hdr
-field redup -deskripsi kolom -infiles dset.nii 3. nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
dset1.nii dset2.nii 4. nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -infiles dset1_time.nii 5. nifti_tool
-disp_ci 23 0 172 -1 0 0 0 -infile dset1_time.nii
6. nifti_tool -disp_ana -infiles analysis.hdr 7. nifti_tool -disp_nim -infiles nifti.nii
D. membuat a yang baru kumpulan data dari Tidak ada apa-apa:
1. nifti_tool -make_im -awalan new_im.nii 2. nifti_tool -make_im -awalan float_im.nii
-new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -tipe_data baru 16
3. nifti_tool -mod_hdr -mod_field deskripsikan "dataset dengan mod" -new_dims 3 10 20 30 0 0 0
0 -awalan new_desc.nii -masukkan file MAKE_IM
E. salinan Himpunan data, bata daftar or runtuh gambar:
1. nifti_tool -copy_im - awalan baru.nii -infiles dset0.nii 2. nifti_tool -cbl - awalan
new_07.nii -infiles dset0.nii"[0,7]" 3. nifti_tool -cbl -prefix new_partial.nii -infile
dset0.nii"[3..$(2)]"
4. nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1 -awalan baru_5_4_17.nii 5. nifti_tool -cci 5 0 17 -1
-1 2 -1 -simpan_hist -awalan baru_5_0_17_2.nii
F. memodifikasi itu Header (memodifikasi bidang or menukar seluruh judul):
1. nifti_tool -mod_hdr -awalan dnew -infiles dset0.nii -mod_field redup "4 64 64 20 30 1 1
1 1 "
2. nifti_tool -mod_hdr -awalan dnew -infiles dset0.nii -mod_field deskripsikan "bir, anak nakal
dan keju, mmmmm..."
3. cp old_dset.hdr nifti_swap.hdr nifti_tool -swap_as_nifti -timpa -infiles
nifti_swap.hdr 4. cp old_dset.hdr analyze_swap.hdr nifti_tool -swap_as_analyze -timpa
-infiles analyze_swap.hdr 5. nifti_tool -swap_as_old -awalan old_swap.hdr -infiles
old_dset.hdr nifti_tool -diff_hdr -infiles nifti_swap.hdr old_swap.hdr
G. mengupas, menambahkan or menghapus ekstensi: (dalam contoh #3, ekstensi disalin dari teks
mengajukan)
1. nifti_tool -strip -overwrite -infiles *.nii 2. nifti_tool -add_comment "dikonversi dari
MY_AFNI_DSET+asal" -awalan dnew -infiles dset0.nii
3. nifti_tool -Tambahkan komentar "file: my.extension.txt" \NS -awalan dnew -infiles dset0.nii
4. nifti_tool -rm_ext SEMUA -prefix dset1 -infiles dset0.nii 5. nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext
3 -rm_ext 5 -timpa -infile dset0.nii
Gunakan nifti_tool online menggunakan layanan onworks.net