Ini adalah perintah PerseusD yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
AmpliconNoise - menghilangkan noise dari data urutan nukleotida throughput tinggi
VERSION
Dokumentasi ini mengacu pada versi 1.22
RINGKASAN
Lihat /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz untuk detail cara menjalankan.
DESKRIPSI
Alat-alat berikut disertakan. Sebagian besar dari mereka memiliki padanan MPI, misalnya
SeqNoise memiliki SeqNoiseM setara yang dapat digunakan dengan mpirun.
FastaUnik - menghapus file fasta
-dalam nama file input string
Pilihan:
kluster FC
-dalam nama file input jarak string
-out string keluaran file rintisan
Pilihan:
-r resolusi
-hubungan rata-rata
-w menggunakan bobot
-saya membaca pengidentifikasi
-s skala dist.
Daftar ND - matriks jarak urutan Needleman-Wunsch berpasangan dari file fasta
-dalam nama file string fata
Pilihan:
-i pengidentifikasi keluaran
perseus - membunuh monster
-sin string seq nama file
Pilihan:
-file urutan referensi string timah
-kesejajaran keluaran
-d gunakan ketidakseimbangan
-rin nama file pencarian string
PyroDist - matriks jarak berpasangan dari flowgram
-dalam nama file aliran string
-out stub out file rintisan
Pilihan:
-ni tidak ada indeks dalam file dat
-rin nama file pencarian string
PyroKebisingan - mengelompokkan flowgram tanpa keberpihakan
-din nama file aliran string
-nama file input cluster string keluar
-lin file daftar string
Pilihan:
-v bertele-tele
-c cut-off awal ganda
-ni tidak ada indeks dalam file dat
-s presisi ganda
-rin file pencarian nama file
SeqDist - matriks jarak berpasangan dari file fasta
-dalam string nama file fasta
Pilihan:
-i pengidentifikasi keluaran
-rin nama file pencarian string
SeqNoise - urutan cluster
-dalam nama file urutan string
-din nama file matriks jarak string
-nama file input cluster string keluar
-lin file daftar string
Pilihan:
-min file pemetaan
-v bertele-tele
-c cut-off awal ganda
-s presisi ganda
-rin nama file pencarian string
SplitClusterEven
-din string nama file dat
-min nama file peta string
-nama file pohon string timah
-s ukuran split
-m min ukuran
Gunakan PerseusD online menggunakan layanan onworks.net