RNAefektif - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

RNAefektif - perhitungan jumlah efektif target miRNA ortologis

RINGKASAN

RNA efektif [-H] [-D frekuensi_file] [-F dari untuk] [-k ukuran sampel] [-l maksud, std] [-M
maks_target_panjang] [-N max_query_length] [-kamu iloop_upper_limit] [-v bloop_upper_limit]
[-S] [-T file_target] [-Q file_kueri] [pertanyaan]

DESKRIPSI

RNA efektif adalah alat untuk menentukan jumlah efektif target miRNA ortologis.
Angka ini dapat digunakan untuk perhitungan nilai p gabungan yang lebih akurat dalam multi-
analisis spesies. RNAefektif mencari satu set urutan target dengan miRNA acak yang
dapat diberikan pada baris perintah atau menghasilkan urutan acak sesuai dengan
diberikan ukuran sampel, parameter distribusi panjang dan frekuensi dinukleotida. NS
distribusi empiris nilai-p gabungan dibandingkan dengan nilai-p itu sendiri, dan
jumlah efektif target independen adalah salah satu yang mengurangi penyimpangan antara
dua distribusi.

PILIHAN

-h Berikan ringkasan singkat tentang opsi baris perintah.

-d frekuensi_file
Hasilkan urutan acak sesuai dengan frekuensi dinukleotida yang diberikan dalam
frekuensi_file. Lihat direktori contoh untuk file contoh.

-f dari untuk
Memaksa semua struktur untuk memiliki heliks dari posisi dari untuk memposisikan untuk dengan
menghormati kueri. Basis pertama memiliki posisi 1.

-k ukuran sampel
Menghasilkan ukuran sampel urutan acak. Nilai defaultnya adalah 5000.

-l maksud, std
Hasilkan urutan acak dengan distribusi panjang normal rata-rata berarti dan
standar deviasi std. Nilai default masing-masing adalah 22 dan 0.

-m maks_target_panjang
Panjang maksimum yang diizinkan dari urutan target. Nilai defaultnya adalah 2000. Ini
opsi hanya memiliki efek jika file target diberikan dengan opsi -t (lihat di bawah).

-n max_query_length
Panjang maksimum yang diizinkan dari urutan kueri. Nilai defaultnya adalah 30. Ini
opsi hanya memiliki efek jika file kueri diberikan dengan opsi -q (lihat di bawah).

-u iloop_upper_limit
Jumlah maksimum nukleotida tidak berpasangan yang diperbolehkan di kedua sisi internal
Loop.

-v bloop_upper_limit
Jumlah maksimum nukleotida tidak berpasangan yang diizinkan dalam loop tonjolan.

-s Hasilkan urutan acak sesuai dengan distribusi dinukleotida yang diberikan
kueri (baik dengan opsi -q atau pada baris perintah. Jika tidak ada -q yang diberikan, yang terakhir
argumen ke RNAefektif diambil sebagai kueri). Lihat opsi -q.

-q file_kueri
Tanpa opsi -s, setiap urutan kueri di file_kueri tunduk pada
hibridisasi dengan masing-masing target (yang berasal dari file_target; lihat -t
di bawah). Urutan dalam file_kueri harus dalam format FASTA, mis. satu baris
dimulai dengan > dan langsung diikuti dengan nama, lalu satu atau lebih baris berikut
dengan urutan itu sendiri. Setiap baris urutan individu tidak boleh memiliki lebih dari
1000 karakter.

Dengan opsi -s, distribusi dinukleotida kueri (atau file kueri) dihitung,
dan urutan acak dihasilkan menurut distribusi ini.

Jika tidak ada -q diberikan, urutan acak dihasilkan seperti dijelaskan di atas (lihat -d
pilihan).

-t file_target
Lihat opsi -q di atas.

REFERENSI

Parameter energi diambil dari:

Mathews DH, Sabina J, Zuker M, Turner DH. "Ketergantungan urutan diperluas termodinamika
parameter meningkatkan prediksi struktur sekunder RNA" J Mol Biol., 288 (5), pp
911-940, 1999

VERSION

Halaman manual ini mendokumentasikan versi 2.0 dari RNA yang efektif.

PENULIS

Marc Rehmsmeier, Peter Steffen, Matthias Hoechsmann.

PEMBATASAN

Nilai energi yang bergantung pada karakter hanya ditentukan untuk [acgtuACGTU]. Semua karakter lainnya
mengarah ke nilai nol dalam kasus ini.

Gunakan RNAefektif online menggunakan layanan onworks.net