Ini adalah perintah run_mappers yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
run_mappers - jalankan read mapper untuk memetakan bacaan ke genom referensi
RINGKASAN
run_mappers NAMA BACA -i REF -o OUT -m PETA
DESKRIPSI
Jalankan read mapper untuk memetakan bacaan ke genom referensi.
Nama-nama dalam file NAMES akan disisipkan dalam pola string yang disediakan. Setiap pola
harus berisi tepat satu placeholder "%s" (pemformatan string python).
PILIHAN
NAMA Nama file dari nama file; file nama teks biasa harus berisi satu nama per
garis. Nama tersebut digunakan sebagai pengidentifikasi dalam keseluruhan algoritma.
BACA File yang berisi bacaan yang akan dipetakan.
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar
-m PEMBUAT, --pemeta=PETA
Pengenal mapper yang ditentukan dalam core/tools.py [default: none]
-i REF, --indeks=REF
Pola, yang menunjuk ke urutan/indeks referensi saat digunakan dengan nama.
Placeholder untuk namanya adalah "%s". [default: ./ref/%s.fasta]
-o KELUAR, --keluaran=OUT
Pola, yang menunjuk ke file SAM keluaran, saat digunakan dengan nama. Tempat penampung untuk
namanya adalah "%s". [default: ./SAM/%s.sam]
Gunakan run_mappers online menggunakan layanan onworks.net