sumaclust - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

sumaclust - pengelompokan bintang dari urutan genetik

RINGKASAN

sumaclus [pilihan]

DESKRIPSI

Dengan pengembangan pengurutan generasi berikutnya, alat yang efisien diperlukan untuk menangani
jutaan urutan dalam jumlah waktu yang wajar. Sumaclust adalah program yang dikembangkan oleh
LECA. Sumaclust bertujuan untuk mengelompokkan urutan dengan cara yang cepat dan tepat pada saat yang bersamaan
waktu. Alat ini telah dikembangkan untuk disesuaikan dengan jenis data yang dihasilkan oleh DNA
metabarcoding, yaitu seluruhnya diurutkan, penanda pendek. Urutan cluster sumaclust menggunakan
algoritma pengelompokan yang sama seperti UCLUST dan CD-HIT. Algoritma ini terutama berguna untuk
mendeteksi urutan 'salah' yang dibuat selama protokol amplifikasi dan pengurutan,
berasal dari urutan 'benar'.

PILIHAN

-h [H]bantuan - cetak Tolong

-l : Panjang urutan referensi adalah yang terpendek.

-L Panjang urutan referensi adalah yang terbesar.

-a Panjang urutan referensi adalah panjang keselarasan (default).

-n Skor dinormalisasi dengan panjang urutan referensi (default).

-r : Skor mentah, tidak dinormalisasi.

-d : Skor dinyatakan dalam jarak (default : skor dinyatakan dalam kesamaan).

-t ##.## : Nilai ambang batas untuk pengelompokan. Jika skor dinormalisasi dan dinyatakan dalam
kesamaan (bawaan),

itu adalah identitas, misalnya 0.95 untuk identitas 95%. Jika skor dinormalisasi dan
dinyatakan dalam jarak, itu adalah (1.0 - identitas), misalnya 0.05 untuk identitas 95%.
Jika skor tidak dinormalisasi dan dinyatakan dalam kesamaan, itu adalah panjang
Barisan Umum Terpanjang. Jika skor tidak dinormalisasi dan dinyatakan dalam
jarak, itu (panjang referensi - panjang LCS). Hanya urutan dengan kesamaan
di atas ##.## dengan urutan pusat cluster ditugaskan ke cluster itu.
Standar: 0.97.

-e Opsi yang tepat: Urutan ditugaskan ke cluster dengan urutan tengah
menyajikan skor kesamaan tertinggi > ambang batas, sebagai lawan dari default
opsi 'cepat' di mana urutan ditetapkan ke cluster pertama yang ditemukan dengan pusat
urutan menyajikan skor> ambang batas.

-R ## Rasio maksimum antara jumlah dua urutan sehingga yang kurang berlimpah dapat
dianggap sebagai varian dari yang lebih melimpah. Standar: 1.0.

-p ## Multithreading dengan ## utas menggunakan openMP.

-s ####
Mengurutkan berdasarkan ####. Harus 'Tidak Ada' untuk tidak ada penyortiran, atau kunci di header fasta
setiap urutan, kecuali jumlah yang dapat dihitung (default: mengurutkan berdasarkan
menghitung).

-o Penyortiran dalam urutan menaik (default: menurun).

-g n diganti dengan a (default: urutan dengan n dibuang).

-B ### Output tabel OTU dalam format BIOM diaktifkan, dan ditulis ke file ###.

-O ### Output peta OTU (peta pengamatan) diaktifkan, dan ditulis ke file ###.

-F ### Output dalam format FASTA ditulis ke file ### alih-alih output standar.

-f Output dalam format FASTA dinonaktifkan.

Argumen : kumpulan data nukleotida ke cluster

Gunakan sumaclust online menggunakan layanan onworks.net