Ini adalah perintah tigr-extract yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
tigr-glimmer — Posisi awal/henti gen yang bagus dalam urutan genom
RINGKASAN
ekstrak harimau [file genom pilihan]
DESKRIPSI
Ekstrak program mengambil file urutan format FASTA dan file dengan daftar start/stop
posisi dalam file itu (misalnya, seperti yang dihasilkan oleh program long-orfs) dan mengekstrak dan
mengeluarkan urutan yang ditentukan.
Argumen baris perintah pertama adalah nama file urutan, yang harus dalam FASTA
Format.
Argumen baris perintah kedua adalah nama file koordinat. Itu harus mengandung
daftar pasangan posisi di file pertama, satu per baris. Format setiap entri adalah:
>
File ini seharusnya tidak berisi informasi lain, jadi jika Anda menggunakan output dari glimmer
atau long-orfs , Anda harus memotong baris header.
Output dari program menuju ke output standar dan memiliki satu baris untuk setiap baris di
file koordinat. Setiap baris berisi IDstring , diikuti oleh spasi, diikuti
oleh substring dari file urutan yang ditentukan oleh pasangan koordinat. Secara khusus,
substring dimulai pada posisi pertama pasangan dan berakhir pada posisi kedua
(inklusif). Jika posisi pertama lebih besar dari yang kedua, maka DNA terbalik
komplemen dari setiap posisi dihasilkan. Mulai / hentikan pasangan yang "membungkus" akhir
genom diperbolehkan.
PILIHAN
-melewati membuat output menghilangkan 3 karakter pertama dari setiap urutan, yaitu melompati
atas kodon awal. Ini adalah perilaku versi sebelumnya dari
program.
-l membuat output menghilangkan urutan yang lebih pendek dari n karakter. n termasuk
3 karakter yang dilewati jika tombol -skip adalah satu.
Gunakan ekstrak tigr online menggunakan layanan onworks.net