Ini adalah aplikasi Linux bernama fcGENE: Konverter format genotipe yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai fcgene-1.0.7.zip. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan aplikasi ini secara online bernama fcGENE: Konverter format genotipe dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
SCREENSHOT:
fcGENE: Konverter format genotipe
DESKRIPSI:
Aplikasi utama ada dua: pertama untuk mengubah data genotipe SNP ke dalam format alat imputasi yang berbeda seperti PLINK MACH, IMPUT, BEAGLE dan BIMBBAM, kedua untuk mengubah data yang diperhitungkan ke dalam format file yang berbeda seperti PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT dan SNPTEST.Format file yang dapat dibaca: plink-silsilah (ped dan peta), plink-raw, plink-dosis, mach , minimac, impute, snptest, beagle dan bimbam. Demikian pula semua jenis imputasi output juga diterima.
Format yang dapat dihasilkan oleh fcGENE: plink-silsilah, plink-raw, plink-dosis, input mach, input minimal, input impute, input beagle dan input bimbam, input HAPLOVIEW, input EIGENSOFT.
Aplikasi lebih lanjut:
-?mendapatkan template perintah imputasi yang diperlukan dan perintah alat imputasi lainnya
- Kontrol kualitas sesuai dengan MAF, HWE & CALLRATE.
kata kunci: transformasi genotipe, konversi format genotipe, keluaran imputasi, PLINK, IMPUT, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
Fitur
- dapat membuat Kontrol Kualitas SNP-bijaksana dan Individu-bijaksana dan dapat memfilter SNP dan individu yang didiskualifikasi saat mengubah data
- dapat melakukan konversi format dua arah Data SNP genotipe (misalnya PLINK -> alat imputasi dan alat imputasi -> PLINK) . Itu dapat membaca dan menulis silsilah berformat plink dan file biner
- dapat memfilter SNP yang diperhitungkan berdasarkan skor kualitas imputasi
- dapat menghasilkan template perintah alat analisis GWA
- mengkonversi data genotipe dari format satu alat imputasi ke yang lain.
- Transformasi referensi imputasi ke dalam format plink. Ini membantu membandingkan data genotipe dengan panel referensi.
- dapat membuat data snp dalam format GenABEL dari data yang awalnya diberikan dalam format lain yang berbeda
- dapat menghasilkan file berformat berbeda yang berisi dosis frekuensi alel minor yang diharapkan
- sangat membantu bagi para peneliti yang bekerja di bidang genetika statistik.
- ditulis dalam c ++, penggunaan wadah STL
- dapat membaca dan menulis file gezip
- dapat menghitung FST dengan perintah --fst
- dapat membaca dan menulis data genotipe standar dengan jumlah alel dan dosis alel
- dapat membuat file format vcf yang digunakan untuk BEAGLE4
Bahasa Pemrograman
C + +
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.