abacas - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

abacas - Contiguazione automatica basata su algoritmi di sequenze assemblate

SINOSSI

abaca -r ref -q qs -p prog [Opzioni]

OR

abaca -r ref -q PSF -e

ref sequenza di riferimento in un unico file fasta

qs contigs in formato multi-fasta

rog Programma MUMmer da usare: 'nucmer' o 'promer'

PSF pseudomolecola/file di sequenza ordinata in formato fasta

VERSIONI

-h utilizzo della stampa

-d usa i parametri nummer/promer predefiniti

-s int lunghezza minima della parola corrispondente esatta (numero predefinito = 12, predefinito promer
4 =)

-m stampa contig ordinati su file in formato multifasta

-b stampa contigs in bin su file

-N stampa una pseudomolecola senza "N"s

-i int percentuale minima identità [predefinito 40]

-v int copertura minima contig [predefinito 40]

-V int differenza di copertura minima contig [predefinito 1]

-l int lunghezza minima contig [predefinito 1]

-t esegui tblastx su contigs che non sono mappati

-g stringa (nome del file) stampa le regioni scoperte (spazi) in riferimento al nome del file

-a aggiungi contigs in bin alla pseudomolecola

-o i file di output del prefisso avranno questo prefisso

-P scegli i set di primer per chiudere gli spazi vuoti

-f int numero di basi fiancheggianti su entrambi i lati di uno spazio per il disegno del primer (predefinito
350)

-R int Esegui mummer [predefinito 1, usa -R 0 per evitare di correre mummer]

-e Esci dall'ordine contig, ad esempio vai al disegno del primer

-c La sequenza di riferimento è circolare

DESCRIZIONE

ABACAS ha lo scopo di contiguare rapidamente (allineare, ordinare, orientare), visualizzare e progettare
primer per chiudere gli spazi sui contig assemblati con il fucile da caccia in base a una sequenza di riferimento.

ABACAS utilizza MUMmer per trovare posizioni di allineamento e identificare sintenie di contig assemblati
contro il riferimento. L'output viene quindi elaborato per generare una pseudomolecola presa
contigs sovrapposti e lacune in considerazione. ABACAS genera un file di confronto che può
essere utilizzato per visualizzare contig ordinati e orientati in ACT. Synteny è rappresentato da red
barre in cui l'intensità del colore diminuisce con valori inferiori di identità percentuale tra
blocchi comparabili. Informazioni su contig come orientamento, identità percentuale,
la copertura e la sovrapposizione con altri contig possono essere visualizzate anche caricando l'output
file di funzionalità su ACT.

Utilizzare abacas online utilizzando i servizi onworks.net