Questo è il comando bp_revtrans-motifp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bp_revtrans-motif - Traduzione inversa di un motivo proteico simile a Profam
VERSIONE
Versione: 0.01
SINOSSI
Da un file:
bp_revtrans-motif.pl -i motivi.txt
Utilizzo di tubi:
bp_revtrans-motif.pl < motivi.txt > output.txt
Utilizzo interattivo al prompt dei comandi:
$ bp_revtrans-motivo.pl
MAAAEL[VIKP]
1. ATGCGNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IO){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
DESCRIZIONE
Questo script prende un motivo proteico come input e restituisce un oligonucleotide degenerato
sequenza ad essa corrispondente. La ragione principale per farlo è progettare degenerare
primer che amplificano un dato pattern di sequenza.
Il motivo di input consiste in una stringa di residui di una lettera, con uno dei seguenti
elementi sintattici:
[...] : Posizione ridondante.
Una posizione in cui è consentito più di un residuo. Esempio:
[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^^
[^...] : Posizione negata.
Una posizione in cui è consentito l'eventuale residuo, salvo quelli tra parentesi. Esempio:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n,m,...} : Motivo ripetuto.
Un motivo che si ripete n or m volte. Può avere una qualsiasi delle precedenti sintattiche
elementi. Esempio:
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^
Le lettere consentite sono quelle che corrispondono ai 20 amminoacidi naturali, più:
B = N + D
Z = Q + E
X = Tutto
VERSIONI
-i file di input:
Un file con un elenco di motivi da tradurre al contrario.
-h
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