Questo è il comando clustalo che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
clustalo - Programma generale di allineamento di sequenze multiple per proteine
SINOSSI
cluster [-H]
DESCRIZIONE
Clustal-Omega è un programma di allineamento di sequenze multiple (MSA) di uso generale per le proteine.
Produce MSA di alta qualità ed è in grado di gestire set di dati di centinaia di
migliaia di sequenze in tempi ragionevoli.
In modalità predefinita, gli utenti forniscono un file di sequenze da allineare e queste sono raggruppate a
produrre un albero guida e questo viene utilizzato per guidare un "allineamento progressivo" delle sequenze.
Ci sono anche strutture per allineare gli allineamenti esistenti tra loro, allineando a
sequenza a un allineamento e per l'utilizzo di un modello di Markov nascosto (HMM) per aiutare a guidare e
allineamento di nuove sequenze omologhe alle sequenze utilizzate per realizzare l'HMM.
Quest'ultima procedura è denominata "allineamento del profilo esterno" o EPA.
Clustal-Omega utilizza HMM per il motore di allineamento, basato sul pacchetto HHalign di
Johannes Soeding [1]. Gli alberi guida sono realizzati utilizzando una versione migliorata di mBed [2] che può
raggruppare un numero molto elevato di sequenze in tempo O(N*log(N)). Allineamento multiplo quindi
procede allineando allineamenti sempre più grandi utilizzando HHalign, seguendo il clustering
dato dall'albero guida.
Nella sua forma attuale Clustal-Omega può allineare solo sequenze proteiche ma non DNA/RNA
sequenze. Si prevede che DNA/RNA sarà disponibile in una versione futura.
USO
L'utilizzo degli strumenti è disponibile in /usr/share/doc/clustalo/README.
SVILUPPO
Intestazioni e librerie sono disponibili nel pacchetto libclustalo-dev.
citando
Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H,
Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). Generazione rapida e scalabile di
allineamenti di sequenze multiple di proteine di qualità
utilizzando Cluster Omega. Mol Syst Biol 7.
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