dialign-tx - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

dialign-tx - Allineamento di sequenze multiple basato su segmenti

SINOSSI

dialign-tx [VERSIONI] {conf-directory} {fasta-file} [fasta-out-file]

DESCRIZIONE

DIALIGN-TX è un algoritmo migliorato per allineamenti proteici multipli basati su segmenti.
DIALIGN-TX è una reimplementazione completa dell'approccio basato sul segmento che ne include diversi
nuovi miglioramenti ed euristiche che migliorano significativamente la qualità dell'output
allineamenti rispetto a DIALIGN 2.2. Questa significativa superiorità è stata osservata su
sia a livello locale che globale rispetto ai parametri di allineamento.

VERSIONI

-d
Modalità debug [DEFAULT 0]

0 nessuna istruzione di debug

1 esegue il debug della fase corrente dell'elaborazione

2 debug molto loquace

5 debugging hardcore

-s
Quantità massima di sequenze di input [DEFAULT 5000].

-a
Numero massimo di caratteri per riga in un file FASTA [DEFAULT 100].

-c
Quantità massima di caratteri per riga quando si stampa una sequenza [DEFAULT 80].

-l
modalità sensibilità, più alto è il livello meno probabili sono i frammenti casuali spuri
allineato negli allineamenti locali [DEFAULT 0]

0 spento

1 livello 1, sensibilità ridotta

2 livello 2, sensibilità fortemente ridotta

-m
Nome del file della matrice del punteggio (nella directory di configurazione) [DEFAULT PROTEIN: BLOSUM.scr]
/ [DNA PREDEFINITO: dna_matrix.scr].

-w
Definisce il peso minimo quando la formula del peso viene modificata in 1-pow(1-prob, factor)
[PREDEFINITO 0.000000065].

-p
Nome del file di distribuzione delle probabilità (nella directory di configurazione) [PROTEINA PREDEFINITA:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [DNA PREDEFINITO: dna_diag_prob_100_exp_550000].

-v
Aggiungere a ciascun punteggio (per evitare valori negativi) [DEFAULT 0].

-t

Soglia “pari” per il punteggio basso per l'allineamento delle sequenze [PROTEINA PREDEFINITA: 4] / [DEFAULT
DNA: 0].

-n
Numero massimo di posizioni consecutive per la finestra contenente posizioni con punteggio basso
[PROTEINA PREDEFINITA: 4] / [DNA PREDEFINITO: 1].

-g
Lunghezza minima globale del frammento per il criterio di arresto [DEFAULT PROTEIN: 40] / [DEFAULT
DNA: 1].

-m
Punteggio medio minimo consentito nella finestra frag contenente posizioni con punteggio basso [DEFAULT
PROTEINE: 4.0] / [DNA PREDEFINITO: 0.9].

-o
Se i pesi di sovrapposizione vengono calcolati o meno [DEFAULT 0].

-f
Lunghezza minima del frammento [DEFAULT 1].

-r
Peso soglia per considerare il frammento [DEFAULT 0.0].

-u
[PREDEFINITO 0]

1: utilizza solo una striscia sqrt(amount_of_seqs) di sequenze vicine
calcolare allineamenti a coppie (aumentare le prestazioni).

0: verranno calcolati tutti gli allineamenti a coppie.

-A
File di ancoraggio opzionale. [DEFAULT nessuno]

-D
L'input è una sequenza di DNA.

-T
Tradurre il DNA in amminoacidi dall'inizio alla fine (la lunghezza verrà ridotta a mod 3 = 0).

Avvertenza
Non usare -D con questa opzione (verranno caricati i valori predefiniti per l'ingresso PROTEINE).

-L
Confronta solo la cornice di lettura aperta più lunga.

Avvertenza
Non usare -D con questa opzione (verranno caricati i valori predefiniti per l'ingresso PROTEINE).

-O
Traduci il DNA in amminoacidi, leggendo il frame per ogni sequenza calcolata a causa della sua
ORF più lungo.

Avvertenza
Non usare -D con questa opzione (verranno caricati i valori predefiniti per l'ingresso PROTEINE).

-P
Output in aminoacidi, nessuna ritraduzione delle sequenze di DNA [DEFAULT: input = output].

-F
Modalità veloce (implica -l0, poiché riduce già significativamente la sensibilità).

-C
Genera la tabella delle probabilità salvata in /usr/share/dialign-tx/prob_table ed esci.

-H, -h
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