Questo è il comando fa2dna che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
fa2dna - formatta il database fasta per l'utilizzo con ANFO
SINOSSI
fa2dna [ opzione | filetto ... ]
DESCRIZIONE
fa2dna legge uno o più file in formato fasta e li riformatta in un database adatto
per anfo(1). I file di input possono contenere più di una sequenza e ciascuna sequenza può
essere suddiviso in più contigui da un tratto di Ns. Tutti i codici di ambiguità IUPAC lo sono
pienamente supportato.
VERSIONI
-V, --versione
Stampa il numero della versione ed esci.
-o file, --file di output
Scrivi output su filetto.filetto dovrebbe finire con .gotta, perché anfo e alcuni a valle
gli strumenti potrebbero inciampare su un'estensione diversa. L'impostazione predefinita è il nome del genoma con
, il .gotta estensione.
-m N, --maxn N
Imposta il numero massimo di Ns da interpretare come codici di ambiguità IUPAC a N; Qualunque
un tratto più lungo viene interpretato come una separazione di contigui. L'impostazione predefinita è 2.
-g nome, --nome genoma
Imposta il nome del genoma su Nome. Questo nome è memorizzato nel file di output e lo sarà
utilizzato da anfo per identificare il genoma corrispondente nel suo output. Il genoma dovrebbe essere a
prefisso del nome del file di output per consentire agli strumenti downstream di trovarlo. Il nome
dovrebbe essere breve, ma unico, qualcosa come "hg18" o "pt2" per essere umano o scimpanzé
i genomi funzionerebbero bene.
-d testo, --descrizione testo
Aggiunge testo come descrizione dei metadati. Questo è puramente informativo.
-v, --verboso
Causa la stampa di un indicatore di avanzamento.
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