Questo è il comando fastaq-filter che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
fastaq_filter - Filtra le sequenze per ottenerne un sottoinsieme
DESCRIZIONE
utilizzo: fastaq_filter [opzioni]
Filtra un file di sequenza per lunghezza della sequenza e/o per nome che corrisponde a un'espressione regolare
posizionale argomenti:
infile Nome del file di input da filtrare
file di uscita
Nome del file di output
opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
--min_lunghezza INT
Lunghezza minima della sequenza da mantenere [0]
--lunghezza massima INT
Lunghezza massima della sequenza da mantenere [inf]
--regex REGEX
Se fornito, verranno mantenute solo le letture con un nome corrispondente all'espressione regolare
--id_file NOME DEL FILE
Se fornito, verranno utilizzate solo le letture il cui ID è nel file specificato. Un ID per riga di
file.
-v, --invertire
Mantieni solo le sequenze che non corrispondono ai filtri
compagno filetto per read coppie opzioni:
--compagno_in NOME DEL FILE
Nome del file di input degli accoppiamenti. Se utilizzato, deve anche fornire --compagno_fuori
--compagno_fuori NOME DEL FILE
Nome del file di output dei compagni
--entrambi_compagni_pass
Per impostazione predefinita, se uno dei due accoppiamenti passa il filtro, entrambi leggono l'output. Usa questo flag per
richiedono che entrambe le letture di una coppia passino il filtro
Usa fastaq-filter online utilizzando i servizi onworks.net