gmx-msd - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-msd - Calcola gli spostamenti quadratici medi

SINOSSI

gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-tu ] [-[Ora] [-xvg ]
[-Type ] [-laterale ] [-[no]dieci] [-ngruppo ]
[-[no]mw] [-[no]rmcomm] [-tpdb ] [-riavvio ]
[-inizio ] [-endfit ]

DESCRIZIONE

gmx MSD calcola lo spostamento quadratico medio (MSD) degli atomi da un insieme di iniziali
posizioni. Questo fornisce un modo semplice per calcolare la costante di diffusione utilizzando la costante di Einstein
relazione. Il tempo tra i punti di riferimento per il calcolo MSD è impostato con
-riavvioLa costante di diffusione è calcolata mediante il metodo dei minimi quadrati che adatta una linea retta
(D*t + c) attraverso il MSD(t) da -inizio a -endfit (nota che t è il tempo dal
posizioni di riferimento, non tempo di simulazione). Viene fornita una stima dell'errore, che è la
differenza dei coefficienti di diffusione ottenuti dagli adattamenti sulle due metà dell'adattamento
intervallo.

Esistono tre opzioni, reciprocamente esclusive, per determinare diversi tipi di media quadratica
spostamento: -Type, -laterale e -dieci. Opzione -dieci scrive il tensore MSD completo per ciascuno
gruppo, l'ordine nell'output è: traccia xx yy zz yx zx zy.

If -mol è impostato, gmx MSD traccia l'MSD per singole molecole (incluse le molecole che producono
intero attraverso confini periodici): per ogni singola molecola è presente una costante di diffusione
calcolato per il suo centro di massa. Il gruppo indice scelto verrà suddiviso in molecole.

Il metodo predefinito per calcolare un MSD è utilizzare medie ponderate in massa. Questo può essere attivato
via con -nomw.

Con l'opzione -rmcomm, il moto del centro di massa di un gruppo specifico può essere rimosso. Per
traiettorie prodotte con GROMACS questo di solito non è necessario, come gmx mdrun generalmente
rimuove già il movimento del centro di massa. Quando si utilizza questa opzione assicurarsi che
l'intero sistema è memorizzato nel file della traiettoria.

Il coefficiente di diffusione è determinato dalla regressione lineare dell'MSD, dove, a differenza di
l'uscita normale di D, i tempi sono ponderati in base al numero di riferimento
punti, cioè tempi brevi hanno un peso maggiore. Anche quando -beginfit``=-1,adattamento inizio at
e quando ``-endfit``=-1, adatto va a 90%. utilizzando questo opzione prima anche si an
preciso errore stima basato on , il statistica fra individuale molecole. Note: che
questo emittente Coefficiente di e errore stima sono esclusivamente preciso quando , il MSD is completamente
lineare fra ``-inizio e -endfit.

Opzione -pdb scrive a PDB file con le coordinate del frame al momento -tpdb con nel
Campo del fattore B: la radice quadrata del coefficiente di diffusione della molecola. Questa opzione
implica un'opzione -mol.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xvg>] (msd.xvg)
file xvgr/xmgr

-mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-pdb [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (Facoltativo)
File banca dati proteine

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-tu (Ps)
Unità per i valori temporali: fs, ps, ns, us, ms, s

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps e PDB file

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-Type (In)
Calcola il coefficiente di diffusione in una direzione: no, x, y, z

-laterale (In)
Calcola la diffusione laterale in un piano perpendicolare a: no, x, y, z

-[no]dieci (In)
Calcola il tensore completo

-ngruppo (1)
Numero di gruppi per cui calcolare MSD

-[no]mw (sì)
MSD ponderato in massa

-[no]rmcomm (In)
Rimuovere il movimento del centro di massa

-tpdb (0)
Il frame da utilizzare per l'opzione -pdb (Ps)

-riavvio (10)
Tempo tra i punti di riavvio della traiettoria (ps)

-inizio (-1)
Tempo di inizio per l'adattamento dell'MSD (ps), -1 è il 10%

-endfit (-1)
Tempo di fine per l'adattamento dell'MSD (ps), -1 è il 90%

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