hhblits - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

hhblits - metodo di rilevamento rapido dell'omologia per cercare in modo iterativo un database HMM

SINOSSI

hblits -i domanda [Opzioni]

DESCRIZIONE

HHblits versione 2.0.16 (gennaio 2013): sequenza iterativa velocissima basata su HMM-HMM
search HHblits è uno strumento di ricerca di sequenze iterativo, generico e sensibile che
rappresenta sia le query che le sequenze di database da parte degli HMM. Puoi cercare nei database HHblits
iniziando con una singola sequenza di query, un allineamento di sequenze multiple (MSA) o un HMM.
HHblits stampa un elenco classificato di HMM/MSA del database e può anche generare un MSA da
unendo i database HMM/MSA significativi nella query MSA.

Remmert M., Biegert A., Hauser A. e Soding J. HHblits: iterativo fulmineo
ricerca di sequenze proteiche mediante allineamento HMM-HMM. Naz. Metodi 9:173-175 (2011) (C)
Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
input/query: sequenza singola o allineamento di sequenze multiple (MSA) in a3m, a2m o
Formato FASTA, o HMM in formato hhm

può essere 'stdin' o 'stdout' in tutto.

VERSIONI

-d
nome del database (es. uniprot20_29Feb2012) (default=)

-n [1,8] numero di iterazioni (default=2)

-e [0,1] Cutoff del valore E per l'inclusione nell'allineamento dei risultati (def=0.001)

Ingresso allineamento formato:
-M a2m usa A2M/A3M (predefinito): maiuscolo = Corrispondenza; minuscolo = Inserisci;

'-' = Elimina; '.' = spazi allineati agli inserti (possono essere omessi)

-M prima di tutto
usa FASTA: le colonne con residuo nella prima sequenza sono stati di corrispondenza

-M [0,100]
usa FASTA: le colonne con meno dell'X% di gap sono stati di corrispondenza

Uscita opzioni:
-o
scrivi i risultati in formato standard su file (default= )

-oa3m
scrivere risultato MSA con corrispondenze significative in formato a3m

-ops
scrivere il risultato MSA delle corrispondenze significative in formato PSI-BLAST

-ohhm
scrivi il file HHM per il risultato MSA di corrispondenze significative

-oalis
scrivere MSA in formato A3M dopo ogni iterazione

-Ofa
scrivere allineamenti a coppie di corrispondenze significative in formato FASTA Analogo per
output in formato a3m e a2m (es -Oa3m)

-qhm
scrivere il file HHM di input della query dell'ultima iterazione (default=off)

-seq
massimo numero di sequenze query/modello visualizzate (default=1)

-alio
numero di colonne per riga nell'elenco di allineamento (predefinito=80)

-p [0,100]
probabilità minima nella lista di riepilogo e allineamento (default=20)

-E [0,inf[
valore E massimo nella lista di riepilogo e allineamento (default=1E+06)

-Z
numero massimo di righe nell'elenco dei risultati di riepilogo (predefinito=500)

-z
numero minimo di righe nell'elenco dei risultati di riepilogo (predefinito=10)

-B
numero massimo di allineamenti nella lista di allineamento (default=500)

-b
numero minimo di allineamenti nell'elenco degli allineamenti (default=10)

Opzioni di prefiltro

-nessun prefiltro
disabilita tutti i passaggi del filtro

-noadfilter
disabilita tutti i passaggi del filtro (tranne il prefiltro veloce)

-filtro nodb
disabilitare il filtraggio aggiuntivo degli HMM prefiltrati

-noblockfilter ricerca matrice completa a Viterbi

-filtro massimo
numero massimo di risultati consentiti per superare il 2° prefiltro (predefinito=20000)

Opzioni di filtro applicate per interrogare MSA, database MSA e risultato MSA

-tutti mostra tutte le sequenze nel risultato MSA; non filtrare il risultato MSA

-ID [0,100] identità massima della sequenza a coppie (def=90)

-differenza [0,inf[
filtrare gli MSA selezionando il set di sequenze più diversificato, mantenendone almeno questo numero
seq in ogni blocco MSA di lunghezza 50 (def=1000)

-cov [0,100] copertura minima con sequenza principale (%) (def=0)

-qd [0,100] identità sequenza minima con sequenza principale (%) (def=0)

-qsc [0,100] punteggio minimo per colonna con sequenza principale (predefinito=-20.0)

-neff [1,inf]
diversità di destinazione dell'allineamento di sequenze multiple (default=off)

HMM-HMM allineamento opzioni:
-noriallineare
NON riallineare i risultati visualizzati con l'algoritmo MAC (def=realign)

-matto [0,1[
soglia di probabilità a posteriori per riallineamento MAC (def=0.350) Controlli parametri
avidità di allineamento: 0:globale >0.1:locale

-globo/-loc
usa la modalità di allineamento globale/locale per la ricerca/classificazione (def=local)

-riallineare_max
riallineare max. hit (predefinito=1000)

-alt
mostra a questo molti significativi allineamenti alternativi (def=2)

-premere unire hit per interrogare MSA prima di allineare gli hit rimanenti (def=3)

-cambio [-1,1]
offset punteggio profilo-profilo (def=-0.03)

-ssm {0,...,4}
0: nessun punteggio ss 1,2: punteggio ss dopo o durante l'allineamento [default=2] 3,4: ss
punteggio dopo o durante l'allineamento, previsto vs previsto

-sw [0,1]
peso del punteggio ss (def=0.11)

divario costo opzioni:
-divario [0,inf[
Miscuglio di pseudoconteggio di transizione (def=1.00)

-divario [0,inf[
Miscuglio di pseudoconteggio di transizione per gap aperto (predefinito=0.15)

-rimanere a bocca aperta [0,1.5]
Miscuglio di pseudoconteggio di transizione per estensione del gap (def=1.00)

-gapf ]0,inf]
fattore per aumentare/ridurre la penalità di gap open per le eliminazioni (def=0.60)

-divario ]0,inf]
fattore per aumentare/ridurre la penalità del gap open per gli inserti (def=0.60)

-gaf ]0,inf]
fattore per aumentare/ridurre il gap estendere la penalità per le eliminazioni (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
fattore per aumentare/ridurre la penalità di estensione del gap per gli inserti (def=0.60)

-egq [0,inf[ penalità (bit) per i gap finali allineati ai residui della query (def=0.00)

-eg [0,inf[ penalità (bit) per i gap finali allineati ai residui del template (def=0.00)

pseudoconte (pz) opzioni:
-pc {0,...,2}
dipendenza dalla posizione della miscela pc 'tau' (modalità pc, default=2) 0: nessuno pseudo conteggi:
tau = 0 1: costante tau = a 2: dipendente dalla diversità: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: numero di seq effettivi nell'MSA locale intorno alla colonna i)

-pca [0,1] commistione di pseudoconteggio complessivo (def=1.0)

-PCB [1,inf[ Neff valore di soglia per -pc 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] esponente di estinzione c per -pc 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
PREFILTRO additivo pseudocount (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ Soglia PREFILTRO per Neff (def=1.8)

Specifico del contesto pseudo-conteggi:
-nocontxt
usa la matrice di sostituzione invece di pseudoconteggi specifici del contesto

-contxt file di contesto per il calcolo di pseudoconteggi specifici del contesto
(predefinito=./data/context_data.lib)

-cslib
file di stato della colonna per il prefiltro veloce del database (default=./data/cs219.lib)

Prevedere la struttura secondaria

-aggiungi aggiungere la seconda struttura prevista con PSIPRED al risultato MSA

-psipreso directory con eseguibili PSIPRED (default=)

-psipred_data
directory con dati PSIPRED (default=)

Altri opzioni:
-v
modalità dettagliata: 0: nessun output sullo schermo 1: solo avvertenze 2: verbose (def=2)

-neffmax ]1,20] salta ulteriori iterazioni di ricerca quando la diversità Neff della query MSA

diventa maggiore di neffmax (default=10.0)

-processore
numero di CPU da utilizzare (per SMP a memoria condivisa) (default=2)

-punteggi scrivi i punteggi per tutti i confronti a coppie su file

-Una scheda scrivi tutti gli allineamenti in layout tabulare su file

-max
numero massimo di colonne HMM (def=15002)

-max [1,inf[ memoria massima disponibile in GB (def=3.0)

ESEMPI

hhblits -i query.fas -o query.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i query.fas -o query.hhr -oa3m query.a3m -n 1 -d ./uniprot20

Scarica database daftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

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