Questo è il comando HPCmapper che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
HPCmapper: genera uno script per mappare le letture
SINOSSI
HPCmapper [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-edoppio(.85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mpista]+ [-dalint(4)] [-gradiint(25)]
rif:db|dam si legge: db|dam [primo: int[-ultimo:int]]
DESCRIZIONE
HPCmapper scrive uno script di shell UNIX nello standard output che consiste in una sequenza di
comandi che "mappano" efficacemente ogni lettura nel DB legge contro un set di riferimento di
sequenze nel DB ref, registrando tutti gli allineamenti locali trovati nella sequenza dei file
rif.legge.1.las, rif.legge.2.las, e così via, dove ref.legge.k.las contiene gli allineamenti
tra tutti ref e il k'esimo blocco di legge. I parametri sono esattamente gli stessi di
per Allineatore HPC(1) salvo che il -k, -he -e le impostazioni predefinite sono impostate in modo appropriato per
mappatura, e il -A ed -I le opzioni non hanno senso in quanto ref ed legge dovrebbero essere
set di dati distinti.
Se gli interi prima di tutto ed ultimo mancano, quindi lo script prodotto è per ogni blocco in
il database legge. Se prima di tutto è presente allora HPCmapper produce uno script che confronta
blocchi prima di tutto attraverso ultimo (ultimo = prima di tutto se non presente) contro DAM ref.
Usa HPCmapper online utilizzando i servizi onworks.net