Questo è il comando indigo-deco che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
indigo-deco - rilevamento dell'impalcatura molecolare e deconvoluzione del gruppo R
SINOSSI
indaco-deco file [parametri]
indaco-deco -h
DESCRIZIONE
indaco-deco esegue il rilevamento dell'impalcatura molecolare e la deconvoluzione del gruppo R. Accettato
i formati sono: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES e CML.
VERSIONI
indaco-deco accetta i seguenti parametri.
-h Stampa messaggio di aiuto
-a Calcola impalcatura approssimativa (l'impostazione predefinita è esatta)
-s
Scrivi il massimo scaffold trovato su molfile
-S
Scrivi tutti gli scaffold trovati nel file SD
-l
Non calcolare lo scaffold, ma caricalo da file
-sr
Scrivi scaffold con R-site in un file
-o
Scrivi le molecole evidenziate risultanti su file
-r
Scrivi le molecole risultanti con gruppi r separati su file
creato Nessuna considerazione aromatica
-- Segna la fine delle opzioni
ESEMPI
indaco-deco *.mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Leggi le molecole dai molfile nella directory corrente, salva il massimo scaffold trovato
in scaf.mol e salvare le molecole evidenziate in hl.sdf.
indaco-deco struttura.mol molti.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Leggi una molecola da structure.mol e più molecole da many.sdf, salva
molecole con r-rgoups in rg.sdf e salvare tutti gli scaffold trovati in allscafs.sdf.
indaco-deco *.smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
Leggi più molecole da ogni file SMILES nella directory corrente, leggi
scaffold da readyscaf.mol e salvare le molecole evidenziate in hl.sdf.
Usa indigo-deco online utilizzando i servizi onworks.net