Questo è il comando loadPulses che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
loadPulses - informazioni sugli impulsi di sequenziamento del carico
SINOSSI
caricaImpulsi basNomeFile cmpNomeFile [Opzioni]
DESCRIZIONE
caricaImpulsi carica le informazioni sull'impulso di sequenziamento come la distanza o la qualità tra gli impulsi
informazioni nel file cmp.h5. Questo permette di analizzare cinetica e qualità
informazioni per colonna di allineamento.
VERSIONI
basNomeFile
L'input {bas,pls}.h5 o input.fofn.
cmpNomeFile
Il file cmp.h5 in cui caricare le informazioni sugli impulsi.
-metrica APPREZZIAMO
Un elenco di metriche separate da virgole (senza spazi).
Le opzioni valide sono:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeleteQV, DeleteTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
LarghezzaInFrames, Luce, pkmid, ClassificatoreQV, PulseIndex
Le opzioni predefinite sono:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, LarghezzaInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
Esci se mancano campi dati dall'input bas.h5 o pls.h5 che sono
necessario per caricare una metrica. Il default è un avvertimento.
-da leggere
Caricare le informazioni sugli impulsi leggendo piuttosto che memorizzando le metriche.
-bimetrico
Caricare le informazioni sugli impulsi in base alla metrica anziché alla lettura. Questo utilizza più memoria di
-da leggere, ma può essere più veloce.
-maxElementi APPREZZIAMO
Imposta un limite alla dimensione del file pls/bas in cui inserire il buffer -bimetrico (valore predefinito:
massimo int). Utilizzo -da leggere se il limite viene superato.
- memoria massima APPREZZIAMO
Imposta un limite (in GB) sulla memoria per il buffer dei dati con -bimetrico (valore predefinito: 4
GB). Utilizzo -da leggere se il limite viene superato.
-metaNEelementi APPREZZIAMO
Imposta il numero di elementi nella cache dei metadati per la lettura del file bas/bax/pls.h5.
-rawNElementsAPPREZZIAMO
Imposta il numero di elementi nella cache dei dati non elaborati per la lettura del file bas/bax/pls.h5.
-rawChunkSize APPREZZIAMO
Imposta la dimensione del blocco della cache dei dati non elaborati per la lettura del file bas/bax/pls.h5.
Usa loadPulses online utilizzando i servizi onworks.net