phyml - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

phyml - Stima filogenetica utilizzando la massima verosimiglianza

SINOSSI:

phyml [comando argomenti]

Tutte le opzioni seguenti sono opzionali (tranne '-i' se vuoi usare la riga di comando
interfaccia).

Opzioni di comando:

-i (o --ingresso) nome_file_seq

nome_file_seq è il nome del file di sequenza di nucleotidi o aminoacidi in PHYLIP
formato.

-d (o --tipo di dati) tipo di dati

tipo di dati è 'nt' per nucleotide (predefinito), 'aa' per sequenze di amminoacidi, o
'generico', (usa il formato file NEXUS e il parametro 'simboli' qui).

-q (o --sequenziale)

Modifica il formato interlacciato (predefinito) in formato sequenziale.

-n (o --multiplo) nb_set_di_dati

nb_set_di_dati è un numero intero corrispondente al numero di set di dati da analizzare.

-p (o --par) [] Usa un albero di partenza di parsimonia minima. Questa opzione è presa in considerazione
quando l'opzione '-u' è assente e quando devono essere apportate modifiche alla topologia dell'albero.

-b (o --bootstrap) int

int > 0: int è il numero di repliche bootstrap.

int = 0: né il test del rapporto di verosimiglianza approssimativo né i valori bootstrap sono
calcolato.

int = -1: test del rapporto di verosimiglianza approssimativo che restituisce statistiche aLRT.

int = -2: test del rapporto di verosimiglianza approssimativo che restituisce il ramo parametrico basato su Chi2
sostiene.

int = -4: (predefinito) il ramo tipo SH supporta da solo.

-m (o --modello) modello

modello : nome del modello sostitutivo. - nucleotidemodelli basati su: HKY85 (predefinito) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | costume (per l'opzione personalizzata, una stringa di
sei cifre identificano il modello. Ad esempio, 000000)

corrisponde a F81 (o JC69 a condizione che la distribuzione delle frequenze nucleotidiche sia
uniforme). 012345 corrisponde a GTR. Questa opzione può essere utilizzata per codificare qualsiasi
modello annidato all'interno di GTR.

- Amminoacido modelli basati: LG (predefinito) | WAG | JTT | MtREV | Dayoff | DCMu |
RtREV | CpREV | VT Blosum62 | Monte mamma | MtArt | HIV w | HIV b | costume

--aa_rate_file Nome del file

Nome del file è il nome del file che fornisce il tasso di sostituzione degli amminoacidi
matrice in formato PAML. È obbligatorio utilizzare questa opzione quando si analizza amino
sequenze acide con il modello `custom'.

-f e, m, o fA,fC,fG,fT

e : le frequenze dei caratteri sono determinate come segue :

- Sequenze nucleotidiche: (Empirica) si stimano le frequenze base di equilibrio
contando l'occorrenza delle diverse basi nell'allineamento.

- Sequenze amminoacidiche: (Empirico) le frequenze amminoacidiche di equilibrio sono
stimata contando la presenza dei diversi amminoacidi nell'allineamento.

m : le frequenze dei caratteri sono determinate come segue :

- Sequenze nucleotidiche: (ML) le frequenze base di equilibrio sono stimate utilizzando
massima verosimiglianza

- Sequenze di amminoacidi: (Modello) le frequenze di equilibrio degli amminoacidi sono
stimata utilizzando le frequenze definite dal modello di sostituzione.

"fA,fC,fG,fT" : valido solo per modelli basati su nucleotidi. fA, fC, fG e fT sono
numeri fluttuanti che corrispondono rispettivamente alle frequenze di A, C, G e T
(ATTENZIONE: non utilizzare alcuno spazio vuoto tra i valori delle frequenze nucleotidiche,
solo virgole!)

-t (o --ts/tv) rapporto ts/tv

rapporto ts/tv : rapporto di transizione/trasversione. Solo sequenze di DNA. Può essere un fisso
valore positivo (es:4.0) o e per ottenere la stima della massima verosimiglianza.

-v (o --pinv) prop_invar

prop_invar: proporzione di siti invariabili. Può essere un valore fisso in [0,1]
range o e per ottenere la stima di massima verosimiglianza.

-c (o --nclassi) nb_subst_cat

nb_subst_cat : numero delle relative categorie di tasso di sostituzione. Predefinito:
nb_subst_cat=4. Deve essere un numero intero positivo.

-a (o --alfa) gamma

gamma : distribuzione del parametro di forma della distribuzione gamma. Può essere un fisso
valore positivo o e per ottenere la stima di massima verosimiglianza.

-s (o --ricerca) cambiano

Opzione per l'operazione di ricerca della topologia ad albero. Può essere sia NNI (predefinito, veloce) o SPR (a
un po' più lento di NNI) o MIGLIORE (migliore della ricerca NNI e SPR).

-u (o --albero di input) file_albero_utente

file_albero_utente : nome file dell'albero di partenza. L'albero deve essere in formato Newick.

-o params

Questa opzione si concentra sull'ottimizzazione di parametri specifici.

params=tlr : la topologia dell'albero (t), la lunghezza del ramo (l) e i parametri di velocità (r) sono
ottimizzato.

params=tl : la topologia dell'albero e la lunghezza dei rami sono ottimizzate.

params=lr : la lunghezza del ramo ei parametri di velocità sono ottimizzati.

params=l : la lunghezza del ramo è ottimizzata.

params=r : i parametri di velocità sono ottimizzati.

params=n : nessun parametro è ottimizzato.

--rand_start

Questa opzione imposta l'albero iniziale su casuale. È valido solo se le ricerche SPR sono
da eseguire.

--n_rand_inizia num

num è il numero di alberi casuali iniziali da utilizzare. È valido solo se SPR
si devono effettuare ricerche.

--r_seme num

num è il seme utilizzato per avviare il generatore di numeri casuali. Deve essere un numero intero.

--print_site_lnl

Stampa la probabilità per ogni sito nel file *_phyml_lk.txt.

--traccia_stampa

Stampa ogni filogenesi esplorata durante il processo di ricerca dell'albero nel file
*_phyml_traccia.txt.

--run_id ID_stringa

Aggiungi la stringa ID_stringa alla fine di ogni file di output PhyML. Questa opzione potrebbe
essere utile quando si eseguono simulazioni che coinvolgono PhyML.

--silenzioso

Nessuna domanda interattiva (per l'esecuzione in modalità batch) e output silenzioso.

--nessun_controllo_di_memoria

Nessuna domanda interattiva per l'utilizzo della memoria (per l'esecuzione in modalità batch). Uscita normale
altrimenti.

--alias_sottopatt

L'aliasing del sito è generalizzato a livello della sottostruttura. A volte portano a più velocemente
calcoli. Vedi Kosakovsky Pond SL, Muse SV, Sytematic Biology (2004) per an
esempio.

--boot_progress_display num (predefinito=20)

num è la frequenza con cui verrà aggiornata la barra di avanzamento del bootstrap. Deve essere
un intero.

FILIPPO INTERFACCIA

Puoi anche usare PhyML senza argomenti, in questo caso cambia il valore di un parametro di
digitando il carattere corrispondente come mostrato sullo schermo.

ESEMPI

File di sequenza interlacciata di DNA, parametri predefiniti:

fiml -i seq1

File di sequenza interlacciata AA, parametri predefiniti:

fiml -i seq2 -d aa

File di sequenza sequenziale AA, con personalizzazione:

fiml -i seq3 -q -d aa -m JTT -c 4 -a e

Usa phyml online utilizzando i servizi onworks.net