Questo è il comando proteinortho5 che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
proteinortho5 - strumento di rilevamento dell'ortologia
SINOSSI
proteinorto5 [VERSIONI] VELOCE1 VELOCE2 [VELOCE...]
DESCRIZIONE
Proteinortho è uno strumento autonomo che è orientato verso grandi set di dati e fa uso di
tecniche di calcolo distribuito quando eseguito su hardware multi-core. Implementa un
versione estesa dell'euristica del miglior allineamento reciproco. Proteinortho è stato applicato a
calcolare le proteine ortologhe nel set completo di tutti i 717 genomi eubatterici disponibili
all'NCBI all'inizio del 2009. Gli autori sono riusciti a identificare trenta proteine presenti in
99% di tutti i proteomi batterici.
VERSIONI
-e = E-value per esplosione [predefinito: 1e-05]
-p= programma di esplosione {blastn|blastp|blastn+|blastp+} [predefinito: blastp+]
-progetto=
prefisso per tutti i nomi dei file dei risultati [predefinito: mioprogetto]
-sinteny
attivare l'estensione PoFF per separare sequenze simili per adiacenze contestuali
(richiede .gff per ogni .fasta)
-dups= PoFF: numero di ripetizioni per adiacenze euristiche, per determinare duplicati
regioni (predefinito: 0)
-cs= PoFF: dimensione di una sottostringa comune massima (MCS) per le corrispondenze di adiacenza (impostazione predefinita: 3)
-alfa=
PoFF: peso delle adiacenze rispetto alla somiglianza della sequenza (predefinito: 0.5)
-disc scrivere file di descrizione (solo per input NCBI FASTA)
-mantenere memorizza i risultati temporanei dell'esplosione per il riutilizzo
-vigore comunque il ricalcolo delle forze dei risultati dell'esplosione
-cpu= numero di processori da utilizzare [predefinito: auto]
-autoblast
applica selfblast, rileva paraloghi senza ortologhi
-single
riporta i geni singleton senza alcun risultato
-identità=
min. identità percentuale dei migliori colpi esplosivi [predefinito: 25]
-cov= min. copertura dei migliori allineamenti esplosivi in % [predefinito: 50]
-conn= min. connettività algebrica [predefinito: 0.1]
-sim= min. somiglianza per risultati aggiuntivi (0..1) [predefinito: 0.95]
-passo= 1 -> genera indici 2 -> esegui blast (e ff-adj, se -sinteny è impostato) 3 ->
clustering 0 -> tutto (predefinito)
-percorso blast=
percorso per il tuo blast locale (se non installato a livello globale)
-verboso
ti tiene informato sui progressi
-pulito rimuovere tutti i file non necessari dopo l'elaborazione
-grafico generare file .graph (relazioni ortologiche a coppie)
-debug fornisce informazioni dettagliate per il tracciamento dei bug
Parametri di esplosione più specifici possono essere definiti da
-blastParametri='[parametri]' (es -blastParametri='-seg no')
Nel caso in cui i lavori debbano essere distribuiti su più macchine, utilizzare
-start= Numero di file con cui iniziare (predefinito: 0)
-stop= Numero di file con cui terminare (predefinito: -1)
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