Velveth_long - Online nel Cloud

PROGRAMMA:

NOME

Velveth_long - semplice programma di hashing (LONGSEQUENCES)

DESCRIZIONE

velveth - semplice programma di hashing Versione 1.2.09

VERSIONI

-filo_specifico
: per dati di sequenziamento del trascrittoma specifico del filamento (default: off)

-riutilizzo_Sequenze
: riutilizza il file Sequences (o link) già nella directory (non è necessario fornire l'originale
nomi di file in questo caso (predefinito: off)

-riutilizzo_binario
: riutilizza file di sequenze binarie (o link) già nella directory (non è necessario fornire)
nomi di file originali in questo caso (predefinito: off)

-no hash
: prepara semplicemente il file Sequences, non eseguire l'hash delle letture o preparare il file Roadmaps
(predefinito: disattivato)

-crea_binario
: crea un file binario CnyUnifiedSeq (predefinito: disattivato)

Sinossi:

- Corti singolo fine si legge:
Assemblaggio 29 -corto -veloceq s_1_sequenza.txt

- Coppia di estremità corto legge (ricorda a intercalare accoppiato si legge):
Assemblaggio 31 -Abbinato corto - veloce interleaved.fna

- Letture brevi paired-end (utilizzando file separati per le letture abbinate)

Assemblaggio 31 -Abbinato corto - veloce -separato sinistra.fa destra.fa

- Due canali e alcuni lungo si legge:
Assemblaggio 43 -corto -veloceq unmappato.fna -lungo abbinato - veloce SangerReads.fasta

- Tre canali:
Assemblaggio 35 -Abbinato corto - veloce pe_lib1.fasta -shortPaired2 pe_lib2.fasta
-breve3 se_lib1.fa

Produzione:
directory/Roadmap directory/Sequenze

[Entrambi i file vengono rilevati dal grafico, quindi lasciali lì]

COPYRIGHT

Copyright 2007, 2008 Daniele Zerbino (zerbino@ebi.ac.uk)
Questo è un software gratuito; vedere la fonte per le condizioni di copia. NON c'è garanzia; non
anche per COMMERCIABILITÀ o IDONEITÀ PER UN PARTICOLARE SCOPO.

Impostazioni di compilazione: CATEGORIE = 2 MAXKMERLENGTH = 31 OPENMP LONGSEQUENCES

Utilizzo: ./velveth directory hash_length {[-file_format][-read_type][-separate|-interleaved]
nomefile1 [nomefile2 ...]} {...} [opzioni]

elenco
: nome della directory per i file di output

lunghezza_hash
: O un intero dispari (se pari, sarà decrementato) <= 31 (se superiore, sarà
ridotto) : OR: m,M,s dove m e M sono interi dispari (in caso contrario, saranno
decrementato) con m < M <= 31 (se superiore, verrà ridotto)

e s è un passo (numero pari). Velvet quindi eseguirà l'hash da k=m a k=M con un passo di
s

Nome del file
: percorso del file di sequenza o - per l'input standard

Compila il formato opzioni:
- veloce -veloceq -crudo - veloce.gz -veloceq.gz -crudo.gz -Sam -bam -fmtAuto

(Nota: -fmtAuto rileverà fasta o fastq e proverà i seguenti programmi per
decompressione: gunzip, pbunzip2, bunzip2

Compila il disposizione Opzioni da accoppiato legge (solo da veloce e veloce formati):
-interfogliato
: Il file contiene letture accoppiate intercalate in un unico file (impostazione predefinita)

-separato
: Leggi 2 file separati per letture accoppiate

Leggi Digitare opzioni:
-corto -Abbinato corto

-breve2 -shortPaired2

-lungo -lungo abbinato

-riferimento

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