Questa è l'app Linux denominata GENIE (GEne-geNe IntEraction) la cui ultima versione può essere scaricata come GENIE_src.tar. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata GENIE (GEne-geNe IntEraction) con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
GENIE (interazione gene-gene)
DESCRIZIONE:
L'interazione gene-gene negli studi di associazione genetica è computazionalmente intensiva quando è coinvolto un gran numero di SNP. La maggior parte delle unità di elaborazione centrale (CPU) più recenti ha più core, mentre le unità di elaborazione grafica (GPU) hanno anche centinaia di core e sono state recentemente utilizzate per implementare software scientifico più veloce. Tuttavia, attualmente non esistono pacchetti software di analisi genetica che consentano agli utenti di utilizzare appieno la potenza di calcolo di questi dispositivi multi-core per l'analisi dell'interazione genetica per i tratti binari.
Qui presentiamo un nuovo pacchetto software GENIE, che utilizza la potenza di più core di GPU o CPU per parallelizzare l'analisi dell'interazione.
Citazione: Chikkagoudar, S., Wang, K., & Li, M. (2011). GENIE: un pacchetto software per l'analisi dell'interazione gene-gene negli studi di associazione genetica che utilizzano più core GPU o CPU. Note di ricerca BMC, 4(1), 158.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
C
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/gpugenie/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.