Questa è l'app Linux denominata iMSAT da eseguire in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come SSRs.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata iMSAT per l'esecuzione in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI:
iMSAT per l'esecuzione in Linux online
DESCRIZIONE:
iMSAT rappresenta un aggiornamento completo del programma vcf2MSAT. Questo programma Python da riga di comando consente a un utente di utilizzare i dati sul polimorfismo generati utilizzando gli strumenti SAM e BAM e un file di allineamento .fasta per cercare marcatori di microsatelliti polimorfici (MSAT o STR). Identificando i produttori polimorfici, piuttosto che semplici regioni ripetute come hanno fatto i programmi precedenti, iMSAT aumenta notevolmente la velocità con cui è possibile identificare gli MSAT polimorfici, facendo risparmiare ai ricercatori tempo e denaro preziosi. Visita http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract per l'articolo in pdf che descrive l'utilità di iMSAT e se si utilizza il programma, citare questo articolo come: Andersen e Mills: iMSAT: un nuovo approccio allo sviluppo di loci microsatellitari utilizzando librerie Illumina con codice a barre. BMC Genomica 2014 15:858.Caratteristiche
- Identificazione di microsatelliti polimorfici
- Sequenza Illumina
- Analisi genomica
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Python
Questa è un'applicazione che può anche essere recuperata da https://sourceforge.net/projects/imsat/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri Sistemi Operativi gratuiti.