Questa è l'app Linux denominata PTESFinder la cui ultima versione può essere scaricata come ptesfinder_v1.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata PTESFinder con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
PTESFinder
DESCRIZIONE:
PTESFinder è una pipeline computazionale per l'identificazione di eventi di rimescolamento dell'esone post-trascrizionale da dati RNAseq ad alto rendimento. PTESFinder sfrutta la potenza degli strumenti RNASeq consolidati ed esclude sistematicamente tutte le classi note di strutture di falsi positivi applicando filtri rigorosi progettati per mirare specificamente a questi falsi positivi. PTESFinder confronta le qualità di allineamento della mappatura delle letture con presunte strutture PTES con le qualità delle stesse letture quando mappate su regioni genomiche e trascrizioni giunte canonicamente. Questo approccio aumenta la fiducia nelle letture di supporto PTES. Le letture provenienti da eventi di commutazione del modello sono spesso caratterizzate da grandi indel quando allineate al trascrittoma. PTESFinder utilizza filtri aggiuntivi per escludere letture con allineamenti ambigui attorno alle giunzioni esone-esone PTES, aumentando ulteriormente la fiducia in queste letture di supporto. PTESFinder identifica più strutture PTES rispetto ad altri metodi pubblicati pur mantenendo un'elevata specificità.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Shell Unix, Java
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.