זוהי הפקודה altree-convertp שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
altree-convert - כותרת...
תַקצִיר
altree-convert [אפשרויות]
אפשרויות:
--גרסה גרסת תוכנית
--short-help|h הודעת עזרה קצרה
-- הודעת עזרה עם תיאורי אפשרויות
--מן תיעוד מלא
--first-input-file|קובץ קלט 1
--second-input-file|j קובץ קלט 2 (לא חובה)
--output-file|o קובץ פלט
פלט --case-control-output|c המכיל את המקרים/פקדים nb
---data-type|t DNA|NUM
--phylo-prog|p PAUP|PHYLIP
--reconstruct-prog|r PHASE|FAMHAP
--data-quali|q סוג הנתונים: איכותי או כמותי
--nbind-threshold|s מספר מינימלי של אינדיבידואלים הנחוצים כדי לשמור על הפלוטיפ
אפשרויות
--גִרְסָה
הדפס את גרסת התוכנית ויציאה.
--קצר-עזרה
הדפס הודעת עזרה קצרה וצא.
- עזרה הדפס הודעת עזרה עם תיאורי אפשרויות ויציאות.
--איש מדפיס את הדף הידני ויוצא.
--first-input-file|i
קובץ קלט 1 (פלט של תוכנית שחזור ההפלוטייפ)
---Second-input-file|j
קובץ קלט 2 (פלט שני של famhap או קובץ המכיל את מצב המחלה)
--output-file|o
קובץ פלט
--case-control-output|ג
קובץ פלט המכיל את מספר המקרים והפקדים הנושאים כל הפלוטיפ
---data-type|t "DNA"|"SNP"
סוג הנתונים: DNA (ATGCU) או SNP (0-1)
--phylo-prog|p "phylip"|"paup"
תוכנית שחזור פילוגניה
reconstruct-prog|r "פאמה|פאזה"
תוכנית שחזור הפלוטיפ
data-quali|q "איכותי|כמותי"
סוג הנתונים שנותחו
nbind-threshold|s
מספר מינימלי של אנשים הנושאים הפלוטיפ נדרש לשמור אותו עבורו
ניתוח נוסף. אם אתה רוצה לשמור על כל ההפלוטיפים, אתה חייב להשפיע על 0 לזה
משתנה
תיאור
זֶה התוכנית יקרא את קבצי הקלט הנתונים וייצור קובץ קלט עבור
תוכנת שחזור פילוגנטי paup או phylip/paml
השתמש ב-altree-convertp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net