anfo - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

anfo - מציאת היישור הטוב ביותר של קריאות קצרות למסד הנתונים

תַקצִיר

anfo [ אוֹפְּצִיָה | פילה ... ]

תיאור

anfo מיישר קריאות ריצוף (קצרות) למסד נתונים (בגודל ג'יגה-בייס). הוא משתמש בהיוריסטיקה
שיטת זריעה, אך לאחר מכן מיישם יישור מקורי שמאפשר פערים, מבין נזקים
דפוסים בדנ"א עתיק ומייצר ציון קל לפירוש.

קבצי קלט יכולים להיות כל סוג של קבצי FastA או FastQ, או קבצים מקוריים anfo קובץ בינארי,
דחוס באופן אופטי באמצעות מופעלת דחיסתorbzip2פורמט הקובץ מזוהה אוטומטית ו...
ניתן להוסיף פורמטים נוספים.

אפשרויות

-V, - גרסה
הדפס מספר גרסה וצא.

קובץ -o, קובץ --output
כתוב פלט ל פילה. פילה ייכתב בשפה המקומית anfo פורמט בינארי, אשר
ניתן להפעיל באמצעות anfo-כלי או הקשרים ל עָקבָה.

-c confile, --config confile
קרא תצורה מ confileקובץ זה מגדיר אילו אינדקסים ייעשה בהם שימוש, ו
בהרחבה, לאילו גנומים מתבצע יישור, אילו פרמטרים להשתמש ב
יישור ויכול להגדיר נתיבים. ראה את קובץ הדוגמה.

מספר -p, מספר --חוטים
הַתחָלָה NUM חוטים ליישור. חוט אחד כזה לכל ליבת מעבד הוא בדרך כלל
הטוב ביותר.

מספר -x, מספר --ixthreads
הַתחָלָה NUM שרשורים לאינדוקס. אינדוקס בדרך כלל צורך פחות כוח מעבד מאשר
יישור, כך שבדרך כלל עדיף להשתמש בפחות אינדקסים מאשר מיישרים.

--סולקסה-סולם
בעת קריאת קבצי FastQ, השתמשו בסולם Solexa (יחסי יחס יחס הסיכויים) במקום ב-
סולם Phread סטנדרטי (הסתברויות). אם אתם משתמשים ברצפים של Solexa/Illumina,
עיין בתיעוד שלך אם אתה זקוק לכך. אחרת לא.

--fastq-origin ori
הגדר את המקור לפענוח FastQ ל- אוריהסטנדרט וברירת המחדל הוא 33, אך הוא חייב להיות
מוגדר ל-64 עבור גרסאות מסוימות של תוכנת Solexa/Illumina. אם אתה משתמש
סיקוונסרים של Solexa/Illumina, עיין בתיעוד שלך אם אתה זקוק לכך.
אחרת אתה לא.

-ש, -שקט
דיכוי כל פלט למעט שגיאות חמורות.

-v, --מלל
הדפס מחוון התקדמות במהלך הפעולה.

הסביבה

ANFO_PATH
רשימה של ספריות שחיפשו עבור קבצי גנום ואינדקס, מופרדת באמצעות נקודתיים.

השתמש ב-anfo באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net