זוהי הפקודה bp_multi_hmmsearch.plp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
multi_hmmsearch - בצע חיפוש hmmsearch למספר קבצי FASTA באמצעות
קובץ INDEX
תַקצִיר
multi_hmmsearch -p hmm_file [-i] -f index_file
תיאור
מבחינה טכנית לא Bio::Tools::Run script מכיוון שהוא לא משתמש באף Bioperl או Bioperl Run
רכיבים אבל זה שימושי.
חובה אפשרויות:
-p פרופיל HMM לשימוש עבור החיפוש.
-f קובץ INDEX המכיל רשימה של קבצי FASTA עבור המרובה
לחפש.
מיוחד אפשרויות:
-i צור קובץ אינדקס חדש עם קבצי ה-hms שהתקבלו. זה
שימושי אם ברצונך להעביר רשימה זו כארגומנטים קלט לתוך
תוכניות אחרות.
-h הצג את התיעוד הזה.
מָשׁוֹב
תפוצה רשימות
משוב משתמשים הוא חלק בלתי נפרד מההתפתחות של מודול זה ושל מודולים אחרים של ביופרל. לִשְׁלוֹחַ
ההערות וההצעות שלך רצוי לרשימת התפוצה של ביופרל. השתתפותך
מוערך מאוד.
bioperl-l@bioperl.org - דיון כללי
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - לגבי רשימות התפוצה
דווח באגס
דווח על באגים למערכת מעקב באגים ביופרל כדי לעזור לנו לעקוב אחר הבאגים ושלהם
פתרון הבעיה. ניתן להגיש דוחות באגים דרך האינטרנט:
http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
השתמש ב-bp_multi_hmmsearch.plp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net