זוהי הפקודה bp_run_protdist.plp שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
run_neighbor - הפעל את תוכנית ה'protdist' של Phylip דרך ביופרל
תַקצִיר
run_protdist [-i inputfile] [-o outfilename]
תיאור
ספק קובץ יישור כדי להפעיל עליו Protdist. הקובץ צריך להיות בשם .aln או .phy.
זה נדרש כדי שנוכל לקבוע אם אנחנו צריכים להמיר יישור clustalw לתוך
פיליפ. אתה מוזמן להרחיב את התסריט כך שיעבוד על פורמטים אחרים של MSA אשר ביופרל
תומך. זה נועד לשמש בצינורות ידניים פשוטים מאוד.
קובץ הקלט צריך לקבל את השם בצורת file.phy או file.aln התוכנית מצפה ל- a
קובץ בצורה של (\S+)\.(\S+).
זה יפעיל את האפליקציה 'protdist' באמצעות נוסחת 'KIMURA' לבניית חלבון
מטריצת מרחק. אלה עם phylip3.6 ירצו לבצע כמה שינויים אם הם רוצים להשתמש
JTT. אני שמח לעזור להוסיף את זה כארגומנט של שורת cmd אם זה מתבקש.
השתמש ב-bp_run_protdist.plp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net