קרקס - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

____ _
/ ___(_)_ __ __ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__
\____|_|_| \___\___/|___/

עגול זה טוב

circos - יצירת גרפיקה של מידע מורכב באופן מעגלי

תַקצִיר

# ניחוש מיקום קובץ התצורה
קרקסים

# השתמש בקובץ תצורה ספציפי
circos -conf circos.conf [-שקט]

# אבחון מודולים נדרשים
מודולי סירקוס

# דף אדם
איש הקרקס

# ניפוי שגיאות מפורט עבור רכיבי קוד
# ראה http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group קבוצה1,[קבוצה2,...]

# ניפוי שגיאות מלא
קבוצת_ניפוי_הכל של סירקוס

# קובץ dump של תצורה של בלוק (או עץ בלוקים) של
# כל פרמטר שתואם ל- REGEXP (אופציונלי)
circos -cdump [בלוק1/[בלוק2/...]]{:EXP REG}

# פרמטרי תצורה עוקפים
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no

# בשביל הכיף - סדרו את כל הצבעים בתמונה באופן אקראי מלבד
# צבע 1 וצבע 2
circos -צבע אקראי COLOR1,[COLOR2,...]

תיאור

Circos מיועד להצגת נתונים בצורה מעגלית, אידיאלי לחקירת קשרים
בין אובייקטים או מיקומים. ישנן סיבות נוספות מדוע פריסה מעגלית היא
יתרון, לא פחות מהעובדה שהוא אטרקטיבי.

סירקוס אינו פתרון. זהו כלי לפתרון בעיות ויזואליזציה. עבור נתון
בעיה, אין לך ערובה שזה מתאים.

יש לך שליטה מלאה על אופן הצגת כל רכיב נתונים, מה שעוזר לך להתאים
בולטות לרלוונטיות.

תְצוּרָה

הגדרות נועדו להיות מועברות באמצעות קובץ תצורה בטקסט רגיל. קובץ זה יכול להיות
נוצר באופן ידני או על ידי סקריפט אחר, מה שמאפשר ל-Circos להיות אוטומטי לחלוטין.

לתיעוד מלא, ראה

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

תחביר
התצורה היא טקסט רגיל ומורכבת מבלוקים היררכיים. חלק מהבלוקים, כגון
" הם חובה, בעוד שאחרים כמו " הם אופציונליים.

כדי להתחיל, עיין במדריך המהיר.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

קובץ תצורה טיפוסי עשוי להיראות כך

# גודל ופורמט התמונה

...


# מיקום וגודל של אידיאוגרמות

...


# מיקום, סוג ופורמט של מסלולי נתונים


...

...


# צבעים, גופנים ותבניות מילוי
< >

# פרמטרים של המערכת
< >

מודולריות
ה-"< > ההנחיה מייבאת קובץ תצורה אחד לאחר. זה
המתקן מסייע לשמור על קבצי תצורה מודולריים.

הגדרות פרמטרים שאינן משתנות לעתים קרובות, כגון הגדרות צבע וגופן,
מיובאים באופן קונבנציונלי מקבצים שנמצאו ב וכו/ בהפצה.

במדריכים, תגלו ש" ו" בלוקים מיובאים אל
קובץ התצורה הראשי. מכיוון שהבלוקים האלה יכולים להיות גדולים למדי, הקובץ הראשי
קובץ התצורה קריא יותר אם הוא מאוחסן בקבצים נפרדים.

מגבילים עם *
כדי לעקוף פרמטר שנכלל מקובץ, השתמש בסיומת "*". הסיומת
נדרש מכיוון שהגדרות מרובות של פרמטר אינן מותרות, למעט במקרים
כאשר פרמטר יכול להיות בעל יותר מערך אחד.


# קובץ כלול מגדיר 'רדיוס'
< >
# פעולה זו תעקוף את ערך הרדיוס
רדיוס* = 2500p


ניתן לחזור על הסיומת "*" כדי לציין איזה ערך מקבל עדיפות בבלוק.

רדיוס = 1500p
רדיוס* = 2500p
רדיוס** = 3000p # מופע זה של רדיוס ישמש

מגבילים עם פיקוד קו
ניתן לציין כל פרמטר תצורה בשם בלוק ייחודי בשורת הפקודה
באמצעות

-parameter PATH/PARAM=ערך

לדוגמה,


הצג = לא
...


אידיאוגרמה/הצגה=לא

ו



ברירת מחדל = 0.01r

...


-פרמטר אידיאוגרמה/ריווח/ברירת מחדל=0.01r

מתי קונפיגורציה () משמש בקובץ התצורה כדי לאחזר את הערך של פרמטר (כל
פרמטר, לא רק אלה שנקבעו על ידי -param), אתה מקבל מערכת גמישה לשינוי ה-
תצורה בשורת הפקודה.

מין = אדם
קריוטיפ = data/karyotype/karyotype.conf(מין).txt

מין -param=חולדה

ניתן להגדיר מחדש מספר פרמטרים, לכל אחד מהם דגל "-param" משלו

-param show_ticks=no -param תמונה/רדיוס=2000p

מתמזג אבני
מספר מופעים של הבלוקים הבאים ממוזגים אוטומטית: " ,
" ", " ", " ", " ", " ", " ו" .

המטרה של זה היא לאפשר לך להוסיף להגדרות קנוניות.

# קובץ זה מגדיר את ברירת המחדל , ו
< >

# הוסף לבלוק הצבעים

הצבע שלי = 150,25,25

אפשרויות

תְצוּרָה
קובץ -configfile
שם קובץ התצורה. נדרש.

Circos ינסה לנחש את מיקום הקובץ הזה, ויחפש את "circos.conf" ב-
".", "..", ו-"../ ..".

תְפוּקָה פוּרמָט
‎-png, ‎-nopng
‎-svg, ‎-nosvg
מחליף בין פלט של קבצי PNG ו-SVG.

תמונה גורמים
-הקרציות_להראות, -קרציות_לא_להראות
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
עקיפת הצגת הסימונים והתוויות שלהם. שניהם מוגדרים בדרך כלל ב-
לַחסוֹם.

תְפוּקָה נתיבים
‏-outputdir DIR, ‏-dir DIR
קובץ -outputfile, קובץ -file קובץ
שנה את ספריית הפלט ואת שם הקובץ. קובץ ה-FILE יכול להכיל נתיב.

Debugging
-לנפות
הפעל פלט ניפוי בסיסי. דוחות מידע מ

תמונה, IO, שכבה, סיכום, טיימר

קבוצות ניפוי באגים (ראה להלן).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
הפעלת פלט ניפוי שגיאות עבור קבוצות ספציפיות. לרשימת קבוצות, ראה

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

כדי להוסיף קבוצה לפלט, התחילו אותה עם +. כדי להסירה, התחילו עם -.

# השתמש בקבוצות ניפוי שגיאות ברירת מחדל אך אל תכלול שכבה ו-io
-debug -debug_group -layer,-io

# השתמש בקבוצות ניפוי שגיאות המוגדרות כברירת מחדל והוסף ריווח
-debug -debug_group +ריווח

# ציין במפורש את הקבוצות
-debug_group png,io,טיימר

כדי לרשום את הקבוצות הנתמכות, השתמשו בדגל ללא ארגומנט

קבוצת_ניפוי_באגים

-time
דווח על מידע על תזמון. זהה ל- -debug_group +timer

-שקט
אין ליצור דיווחים.

פרנואיד, לא פרנואיד
הפעלה במצב פרנואידי (ברירת מחדל), או לא. ברירת המחדל להגדרה זו מוגדרת על ידי
'פרנואיד' ב- etc/housekeeping.conf.

אזהרות
הצגת אזהרות, או לא (ברירת מחדל). ברירת המחדל עבור הגדרה זו מוגדרת על ידי
'אזהרות' בקובץ etc/housekeeping.conf.

-מזייף =פריט -מזויף CAT =פריט -שגיאה מזויפת ,ID =פריט -מזויף CAT,ID
זיוף שגיאה על ידי הצגת הודעת השגיאה עבור קטגוריית CAT ומזהה שם השגיאה. אם
אחת או אף אחת מהן לא צוינה, מפרט אילו שגיאות זמינות.

אלא אם כן אתם באמת נהנים לראות הודעות שגיאה, לא אמורה להיות לכם סיבה מועטה לעשות זאת
רוצה להשתמש בזה.

נוֹהָג
-הפך
הצג את הגרסה.

עזרה
הצג תקציר שימוש קצר.

-איש
הצג דף man.

שטויות Around,en
-צבע אקראי [צבע1, צבע2,...]
סדרו באופן אקראי את הצבע של כל אלמנט בתמונה, למעט רשימה אופציונלית של
צבעים.

לדוגמה, כדי לשמור על הרקע לבן וכל דבר שהוא שחור,

-צבע אקראי לבן, שחור

השתמשו בקרקסים אונליין באמצעות שירותי onworks.net