זהו מסנן דלתא הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
delta-filter - קרא קובץ יישור דלתא מ- nucmer או promer ומסנן את
יישורים
תַקצִיר
דלתא-פילטר [אפשרויות]
תיאור
-1 יישור 1 ל-1 המאפשר סידורים מחדש (צומת של -r ו -q יישורים)
-g יישור עולמי 1 ל-1 אינו מאפשר סידורים מחדש
-h הצג מידע עזרה
-i לצוף
הגדר את זהות היישור המינימלית [0, 100], ברירת מחדל 0
-l int הגדר את אורך היישור המינימלי, ברירת המחדל 0
-m יישור של רבים לרבים המאפשר סידורים מחדש (איחוד של -r ו -q יישורים)
-q ממפה כל מיקום של כל שאילתה ללהיט הטוב ביותר שלה בהפניה, מה שמאפשר
הפניות חופפות
-r ממפה כל מיקום של כל הפניה ללהיט הטוב ביותר שלו בשאילתה, מה שמאפשר
השאילתה חופפת
-u float הגדר את ייחודיות היישור המינימלית, כלומר אחוז מ
התאמת היישור להפניה ייחודית ורצף שאילתות [0, 100], ברירת מחדל 0
-o לצוף
הגדר את חפיפת היישור המקסימלית עבור -r ו -q אפשרויות כאחוז מה
אורך יישור [0, 100], ברירת מחדל 100
-v הדפס את היישורים שנזרקו במקום אלה שמעבירים מסננים
-b כפילויות של מפות (XOR of -r ו -q יישורים, זה או אחר אבל לא שניהם)
קורא קובץ יישור דלתא מ-nucmer או פרומר ומסנן את היישורים על בסיס
על מתגי שורת הפקודה, ומשאירים רק את היישורים הרצויים שאליהם יוצאים פלט
stdout באותו פורמט דלתא כמו הקלט. עבור מספר מתגים, סדר הפעולות
הוא כדלקמן: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. אם יישור לא נכלל בקודם
הפעולה, היא תתעלם מהפעולות הבאות.
הבחנה חשובה בין ה -g אפשרות וה -1 ו -m אפשרויות זה -g
דורש שהיישורים יהיו עקביים בסדר שלהם, בעוד שה -1 ו -m
האפשרויות אינן נדרשות להיות עקביות הדדית ולכן לסבול טרנסלוקציות,
היפוכים וכו' במקרים כלליים, ה -m עם זאת, האפשרות היא הבחירה הטובה ביותר -1 יכול להיות
שימושי עבור יישומים כגון מציאת SNP הדורשים מיפוי 1 ל-1. לבסוף, עבור
מיפוי קונטיגים של שאילתות, או קריאות רצף, לגנום ייחוס, השתמש -q. ה
כפילויות מודפסות עם -b אפשרות הם -r ו -q יישורים שאינם קיימים ב
היישור 1 ל-1. יישורים אלה הם גם ההבדל בין -1 ו -m
יישורים
השתמש במסנן דלתא באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net