זוהי הפקודה diffseqe שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
diffseq - השווה ודווח על תכונות של שני רצפים דומים
תַקצִיר
diffseq -רצף רצף -בהמשך רצף -גודל מילים מספר שלם
[-הבדלים גלובליים בוליאני] -תיק לדווח -aoutfeat הישג -קרב הישג
diffseq עזרה
תיאור
diffseq היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "יישור:הבדלים".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-רצף רצף
-בהמשך רצף
דרוש סעיף
-גודל מילים מספר שלם
האזורים הדומים בין שני הרצפים נמצאים על ידי יצירת טבלת גיבוב של
רצף משנה בגודל מילים. 10 הוא ברירת מחדל סבירה. הגדלת הערך הזה (20?)
עשוי להאיץ מעט את התוכנית, אבל זה אומר שכל שני הבדלים בפנים
'גודל מילים' זה של זה יקובצו כאזור יחיד של הבדל. הערך הזה
ניתן להקטין (4?) כדי לשפר את הרזולוציה של הבדלים קרובים, אבל
התוכנית תעבור הרבה יותר לאט. ערך ברירת מחדל: 10
נוסף סעיף
-הבדלים גלובליים בוליאני
בדרך כלל תוכנית זו תמצא אזורי זהות באורך של
שצוין בגודל מילה או יותר ולאחר מכן ידווח על אזורי ההבדל ביניהם
אזורים תואמים אלה. זה עובד טוב וזה מה שרוב האנשים רוצים אם הם כן
עבודה עם רצפי חומצות גרעין חופפים ארוכים. אתה בדרך כלל לא מעוניין
בקצוות שאינם חופפים של רצפים אלה. אם יש לך רצפי חלבונים או קצרים
עם זאת, רצפי RNA, אתה תהיה מעוניין בהבדלים בקצוות מאוד. זה
אפשרות זו מוגדרת להיות אמיתית ואז גם ההבדלים בקצוות ידווחו.
ערך ברירת מחדל: N
תְפוּקָה סעיף
-תיק לדווח
-aoutfeat הישג
קובץ לפלט של תכונות הרצף הראשון ערך ברירת מחדל: $(asequence.name).diffgff
-קרב הישג
קובץ לפלט של תכונות הרצף השני ערך ברירת מחדל: $(bsequence.name).diffgff
השתמש ב-diffseqe באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net