זהו תקציר הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
digest - דיווחים על אתרי ביקוע של אנזים פרוטאוליטי חלבון או מגיב
תַקצִיר
לְעַכֵּל -המשך המשך -mwdata קובץ מידע -תַפרִיט רשימה -מונו בוליאני -לא מועדף בוליאני
-מרטטים בוליאני -טרמיני רשימה -חֲפִיפָה בוליאני -כל החלקים בוליאני
-תיק לדווח
לְעַכֵּל עזרה
תיאור
לְעַכֵּל היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "חלבון:מוטיבים".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-המשך המשך
-mwdata קובץ מידע
נתוני משקל מולקולרי עבור חומצות אמינו ערך ברירת מחדל: Emolwt.dat
דרוש סעיף
-תַפרִיט רשימה
ערך ברירת מחדל: 1
-מונו בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
מתקדם סעיף
-לא מועדף בוליאני
טריפסין בדרך כלל לא יחתוך אחרי 'KR' אם אחריהם כל אחד מ-KRIFLP.
Lys-C בדרך כלל לא יחתוך אחרי 'K' אם אחריו 'P'. Arg-C לא
בדרך כלל חותכים אחרי 'R' אם אחריו 'P'. V8-bicarb בדרך כלל לא יחתוך לאחר מכן
'E' אם אחריו מופיע כל אחד מ'KREP'. V8-phosph לא יחתוך בדרך כלל לאחר 'DE' אם
אחריהם מופיע 'P'. כימוטריפסין בדרך כלל לא ייחתך לאחר 'FYWLM' אם כן
ואחריו 'P'. ציון לא-מועדף מציג את החתכים הלא-מועדפים האלה כמו גם את
מועדפים.
-מרטטים בוליאני
מאפשר עיכול חצי ספציפי ולא ספציפי. אפשרות זו שימושית במיוחד
להפקת רשימות של רצפי פפטידים לזיהוי חלבון באמצעות
ספקטרומטר מסה.
-טרמיני רשימה
ערך ברירת מחדל: 1
תְפוּקָה סעיף
-חֲפִיפָה בוליאני
משמש לעיכול חלקי. מציג את כל החתכים מאתרי גזירה מועדפים בתוספת 1..3, 2..4,
3..5 וכו' אבל לא (למשל) 2..5. חפיפות הן אפוא שברים עם אחד בדיוק
אתר חתך פוטנציאלי בתוכו.
-כל החלקים בוליאני
לגבי חפיפה, אבל שברים המכילים יותר מאתר חתך פוטנציאלי אחד כלולים.
-תיק לדווח
השתמש ב-digeste באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net