זוהי הפקודה domainaligne שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
domainalign - יצירת יישורים (קובץ DAF) עבור צמתים בקובץ DCF.
תַקצִיר
יישור דומיינים -dcfinfile בקובץ -pdbdir בספרייה -צוֹמֶת רשימה -מצב רשימה -שמירה על סינגלטס לְמַתֵג
-dafoutdir outdir -singletsoutdir outdir -superoutdir outdir -קובץ לוג אוסף
יישור דומיינים עזרה
תיאור
יישור דומיינים היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "חלבון: מבנה תלת מימד".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-dcfinfile בקובץ
אפשרות זו מציינת את שם קובץ ה-DCF (קובץ סיווג דומיינים) (קלט). א
'קובץ סיווג דומיין' מכיל סיווג ונתונים אחרים עבור דומיינים מ
SCOP או CATH, בפורמט DCF (דמוי EMBL). הקבצים נוצרים באמצעות SCOPPARSE
ו-CATHPARSE. ניתן להוסיף מידע על רצף דומיין לקובץ באמצעות
DOMAINSEQS.
-pdbdir בספרייה
אפשרות זו מציינת את מיקום קבצי PDB של הדומיין (קלט). קובץ 'PDB של הדומיין'
מכיל נתוני קואורדינטות עבור תחום יחיד מ-SCOP או CATH, בפורמט PDB.
קבצים נוצרים באמצעות DOMAINER. ערך ברירת מחדל: ./
דרוש סעיף
-צוֹמֶת רשימה
אפשרות זו מציינת את הצומת להסרת יתירות. ניתן להסיר יתירות ב
כל צומת שצוין בהיררכיות SCOP או CATH. לדוגמה, על ידי בחירת 'מחלקה'
ערכים השייכים לאותה מחלקה לא יהיו מיותרים. ערך ברירת מחדל: 1
-מצב רשימה
אפשרות זו מציינת את אלגוריתם היישור שיש להשתמש בו. ערך ברירת מחדל: 1
-שמירה על סינגלטס לְמַתֵג
אפשרות זו מציינת האם לכתוב רצפים של משפחות סינגלט לקובץ. אם אתה
ציין אפשרות זו, הרצף עבור כל משפחת סינגלטים ייכתב לקובץ
(פלט). ערך ברירת מחדל: כן
תְפוּקָה סעיף
-dafoutdir outdir
אפשרות זו מציינת את מיקום קבצי DAF (קבצי יישור דומיינים) (פלט).
קובץ יישור דומיינים מכיל יישור רצפי של דומיינים השייכים לאותו
משפחת SCOP או CATH. הקבצים הם בפורמט clustal ומסומנים בדומיין.
מידע על סיווג משפחתי. הקבצים שנוצרו באמצעות SCOPALIGN יכילו
יישור רצף מבוסס מבנה של דומיינים בעלי מבנה ידוע בלבד. כזה
ניתן להרחיב יישורים עם קרובי רצף (בעלי מבנה לא ידוע) באמצעות
SEQALIGN. ערך ברירת מחדל: ./
-singletsoutdir outdir
אפשרות זו מציינת את מיקום קבצי DHF (קבצי תוצאות דומיין) עבור סינגלט
רצפים (פלט). הסינגלטים נכתבים כ'קובץ התאמות דומיין' - אשר
מכיל התאמות (רצפים) במסד נתונים עם מידע על סיווג דומיינים, ב-FASTA
פורמט. ערך ברירת מחדל: ./
-superoutdir outdir
אפשרות זו מציינת את מיקום קבצי סופרימפוזיציה מבנית (פלט).
קובץ בפורמט PDB של סופרימפוזיציה מבנית נוצר עבור כל משפחה אם
נעשה שימוש באלגוריתם STAMP. ערך ברירת מחדל: ./
-קובץ לוג אוסף
אפשרות זו מציינת את שם קובץ היומן (פלט). קובץ היומן מכיל הודעות.
לגבי כל שגיאה שמתעוררת בזמן הפעלת domainalign. ערך ברירת מחדל: domainalign.log
השתמש ב-domainaligne באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net