fa2dna - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

fa2dna - פורמט מסד נתונים של fasta לשימוש עם ANFO

תַקצִיר

fa2dna [ אוֹפְּצִיָה | פילה ... ]

תיאור

fa2dna קורא קובץ אחד או יותר בפורמט fasta ומפרמט אותם מחדש למסד נתונים מתאים
ל anfo(1). קבצי הקלט יכולים להכיל יותר מרצף אחד, וכל רצף יכול
להתפרק למספר קונטיגים על ידי קטע של Ns. כל קודי העמימות של IUPAC הם
נתמך באופן מלא.

אפשרויות

-V, - גרסה
הדפס מספר גרסה וצא.

קובץ -o, קובץ --פלט
כתוב פלט ל פילה.פילה צריך להסתיים ב .dna, כי anfo וכמה במורד הזרם
הכלים עלולים להיתקל בהרחבה אחרת. ברירת המחדל היא שם הגנום עם
מה היא .dna סיומת.

-m N, --maxn N
מגדיר את המספר המרבי של Nיש לפרש כקודי אי בהירות של IUPAC N; כל
מתיחה ארוכה יותר מתפרשת כהפרדת קונטיגים. ברירת המחדל היא 2.

שם -g, שם גנום
מגדיר את שם הגנום ל שם. שם זה מאוחסן בקובץ הפלט ויהיה
בשימוש על ידי anfo לזהות את הגנום המותאם בפלט שלו. הגנום צריך להיות א
קידומת של שם קובץ הפלט כדי לאפשר לכלים במורד הזרם למצוא אותו. השם
צריך להיות קצר, אבל ייחודי, משהו כמו "hg18" או "pt2" עבור אדם או שימפנזה
גנומים יעבוד מצוין.

טקסט -d, --טקסט תיאור
מוסיף טֶקסט כתיאור למטא נתונים. זה מידע גרידא.

-v, --מלל
גורם להדפסת מחוון התקדמות.

השתמש ב-fa2dna באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net