זהו שועל הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
פוקס - קביעת מבנה אב-initio מנתוני עקיפה
תַקצִיר
שועל [אפשרויות] [file.xml]
תיאור
השמיים שועל תוכנית (חפצים חופשיים לקריסטלוגרפיה) נוצרה עבור הקריסטל ab initio
פתרון מבנה מנתוני עקיפה. התכונות המעניינות ביותר שלו עבור ab initio
קביעת המבנה הם:
* תיאור רב תכליתי של תכולת הגביש;
* תיקון אוטומטי עבור מיקומים מיוחדים ואטומים משותפים בין פוליהדרות;
* היכולת להשתמש בו זמנית במספר דפוסי אבקה;
* אלגוריתמי אופטימיזציה גלובליים חכמים;
* ממשק גרפי עם תצוגת מבנה גבישי תלת מימד ועדכונים חיים במהלך
תהליך אופטימיזציה.
אפשרויות
תוכנית זו יכולה להתבצע עם או בלי אפשרויות שורת הפקודה או קובץ קלט (file.xml).
זה עוקב אחר תחביר שורת הפקודה הרגיל של GNU, עם אפשרויות ארוכות שמתחילות בשני מקפים
(`-'). סיכום האפשרויות כלול להלן. לתיאור מלא, ראה את השועל
ויקי http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual
- עזרה הצג סיכום של אפשרויות.
--loadfouriergrd map.grd
טען והצג מפת פורייה 'map.grd' עם מבנה גביש (ראשון).
--loadfourierdsn6 מפה.DN6
טען והצג מפת פורייה DSN6 עם מבנה גביש (ראשון).
--נוגי
הפעל ללא GUI, מפעיל אוטומטית אופטימיזציה --nogui עשוי להיות מלווה ב
את האפשרויות הבאות:
-n 10000
הפעל במשך 10000 נסיונות לכל היותר (ברירת מחדל: 1000000)
--נברון 5
בצע 5 ריצות, ביצוע אקראי לפני כל ריצה (ברירת מחדל: 1), השתמש ב-1 כדי לרוץ ללא הגבלת זמן
-o out.xml
פלט ב-'out.xml'
--לעשות אקראי
הפוך את התצורה הראשונית באקראי
--שקט
הפקת (כמעט) ללא פלט טקסט
--עלות סופית 0.15
הפעל אופטימיזציה עד עלות < 0.15
--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
הדמיית דפוס עבור גביש קלט, אורך גל=1.5406 עד 170° עם 500 נקודות
ורוחב שיא של 0.1°
דוגמאות
פוקס silicon.xml
טען את הקובץ 'silicon.xml' והפעל את ה-GUI.
פוקס Cimetidine-powder.xml --נוגי --לעשות אקראי -n 1000000 -o best.xml
טען את הקובץ 'ktartrate.xml', עשה אקראי ולאחר מכן בצע אופטימיזציה אחת של מיליון ניסויים,
ושמור את המבנה הטוב ביותר ב-'best.xml'.
פוקס Cimetidine-powder.xml --נוגי --לעשות אקראי -n 10000000 --נברון 10 -o best.xml
טען את הקובץ 'Cimetidine-powder.xml', ולאחר מכן בצע 10 ריצות (החל מאקראי
מבנה) של 10 מיליון נסיונות (כל ריצה חוסכת קובץ xml אחד), ושמור את הטוב ביותר
מבנה ב-'best.xml'.
פוקס Cimetidine-powder.xml --נוגי --שקט --לעשות אקראי -n 10000000 --נברון 10 --עלות סופית
200000 -o best.xml
טען את הקובץ 'Cimetidine-powder.xml', ולאחר מכן בצע 10 ריצות שקטות של 10 מיליון ניסויים
(כל ריצה שומרת קובץ xml אחד), ושמור את המבנה הטוב ביותר ב-'best.xml'. לכל אחד
הפעלה, האופטימיזציה נעצרת אם העלות יורדת מתחת ל-200000.
השתמש בפוקס באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net