שום - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

שום - תוכנית הדמיה מולקולרית

תַקצִיר

שום [נָכוֹן שׁוּם אפשרויות] [X11 אפשרויות] [שם הקובץ]

תיאור

דף מדריך זה מתעד בקצרה שום, תוכנית הדמיה מולקולרית בחינם.
ניתן למצוא תיעוד נרחב בפורמט HTML ומקורות ב-garlic home,
<כתובת האתר:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. מיקום פיזי: בית הספר לרפואה, אוניברסיטה
של Osijek, קרואטיה, אירופה. חבילות הידור מראש עבור מספר הפצות GNU/Linux
פנויים. אלה כוללים את Debian, SuSE, Mandriva, Linspire ועוד מספר אחרות
הפצות. ניתן להוריד ולפרוק את תיעוד ה-HTML לשימוש מקומי (מומלץ
נוֹהָג). כאן אתה יכול למצוא תיאור קצר מאוד של התוכנית ואת רשימת הפקודות
אפשרויות קו.

שום היא תוכנית הדמיה מולקולרית שנכתבה במקור לחקירה של
חלבוני ממברנה. כעת ניתן להשתמש בו כדי לדמיין ועריכה פשוטה של ​​כל החלבונים ו
מולקולות. גרסה זו מזהה פורמט PDB גרסה 2.1; ראה את קובץ המקור pdb_atom.c
לפרטים על פורמט זה.

אפשרויות

ניתן לחלק את אפשרויות שורת הפקודה לשתי קבוצות: נָכוֹן (ספֵּצִיפִי) שום אפשרויות ו X11
אפשרויות. ניתן לתת אפשרויות בכל סדר. כל האפשרויות וערכי ברירת המחדל בקוד קשיח הם
המפורטים בטבלה למטה. עבור כל פרמטר, הערך המוגדר באמצעות שורת הפקודה הוא
בשימוש, אם זמין. אם לא, הערך שהוגדר ב .garlicrc נעשה שימוש בקובץ. אם .garlicrc
הקובץ אינו זמין, או שאין ערך תואם בקובץ זה, המקודד הקשיח
נעשה שימוש בערך ברירת המחדל. המדגם .garlicrc הקובץ הכלול בחבילה המקורית מכיל
הערכים שווים לברירות המחדל בקוד קשיח.

שום אפשרויות:
-ח, - עזרה
הדפס עזרה וצא.

-ב, --גִרְסָה
גרסת הדפסה ויציאה.

-ר, --הירשם
רשום שום: הודע למחבר שבאתר שלך מותקן שום ושמישהו
הולך להשתמש בתוכנית הזו. על ידי הרשמה, אתה מעודד את המחבר לעשות זאת
להמשיך בפיתוח השום. אתה יכול גם לעזור למחבר כדי להבטיח תמיכה עבור
פיתוח עתידי. אפשרות זו שולחת הודעת דואר אלקטרוני קצרה אחת, המכילה בלבד
כותרת הודעת הדואר האלקטרוני והמילה 'היי!',tozucic@garlic.mefos.hr>. אנא
הפעל שום -r אם אתה מתכוון להשתמש בתוכנית זו. אם אתה לא מחובר ל
באינטרנט, שקול לשלוח הודעה קצרה ממערכת אחרת.

-נוסיס הסתר את סמל מערכת הקואורדינטות (פינה השמאלית העליונה).

-אין שליטה
הסתר את חלון הבקרה (פינה הימנית העליונה).

-סטרו
הצג תמונת סטריאו.

-לוּחַ מצב
מצב לוח ברירת מחדל. מצבי לוח זמינים הם: כבוי, מישורי (ברירת מחדל), כדור,
חצי כדור, צילינדר וחצי גליל.

-דוֹהֶה מצב
מצב דהיית צבע ברירת מחדל. מצבים זמינים: כבוי, מישורי (ברירת מחדל), כדור,
חצי כדור, צילינדר וחצי גליל.

-כפי ש מספר
סגנון ציור אטום ברירת מחדל (ברירת מחדל בקוד קשיח: 2).

-bs מספר
ברירת מחדל לסגנון ציור איגרות (ברירת מחדל בקוד קשיח: 2).

-פס מספר
מספר ברירת המחדל של משטחי דהיית צבע. מישורים מקבילים, כדורים קונצנטריים או
צילינדרים קונצנטריים עשויים לשמש כמשטחי דהייה. שלוש שלשות RGB הן
מוקצה לכל משטח. משטחים מרווחים באופן שווה; לפחות אחד ולכל היותר
יש להגדיר שמונה. לפחות שלושה צבעים (שמאל, אמצע וימין).
מוקצה לכל אטום גלוי. שלושת הצבעים הללו מבוססים על המיקום של א
אטום נתון ביחס למשטח/ים הדוהים הקרובים ביותר ולצבעים שהוקצו להם
המשטחים הללו. צבעים משולבים באמצעות שקלול ליניארי.

-lc צֶבַע
צבע שמאל במשטח ה-i; אני בין אפס לשבע. מחרוזת הצבע
צריך להיות תואם ל-X11R5. כחול, למשל, עשוי להיות מוגדר כחול או כ
RGB:0000/0000/FFFF וכו'. לדוגמה -lc4 RGB:BBBB/8888/4444 מגדיר את הצבע השמאלי
במשטח שהאינדקס שלו שווה לארבעה.

-mc צֶבַע
צבע אמצעי במשטח ה-i.

-rc צֶבַע
צבע נכון במשטח ה-i.

-מחשב, --print-config
הדפס נתוני תצורה וצא.

-pcn הדפס שמות סמנים ל-stdout ולצאת.

-עֵץ קובץ לוג
כתוב פקודות והודעות לקובץ יומן. הקובץ ייווצר במצב הנוכחי
ספריית עבודה. אם זה לא אפשרי, קובץ יומן יווצר בבית המשתמשים
במדריך.

X11 אפשרות:
-לְהַצִיג הצג שם
שרת X ליצור קשר.

-גֵאוֹמֶטרִיָה גיאום
גיאומטריית חלון (ברירת מחדל: כמעט כל המסך).

-בג צֶבַע
צבע הרקע של החלון הראשי (ברירת המחדל היא שחור).

-fg צֶבַע
צבע קדמת החלון הראשי (ברירת מחדל: לבן).

-פני שם גופן
גופן טקסט; (ברירת המחדל היא 10x20).

-tbg צֶבַע
צבע רקע טקסט (ברירת המחדל היא שחור).

-tfg צֶבַע
צבע טקסט (ברירת המחדל היא לבן).

-סַמָן שם קורס
שם הסמן; לִרְאוֹת /usr/include/X11/cursorfont.h לשמות; הסר את הקידומת XC_.

השתמש בשום באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net