gmx-dyndom - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-dyndom - אינטרפולציה ואקסטרפולציה של סיבובי מבנה

תַקצִיר

gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-צבוץ ראשון ] [-lastangle ] [-nframe ]
[-maxangle ] [-עָבָר ] [-רֹאשׁ ]
[-זָנָב ]

תיאור

GMX dyndom קורא א .pdb פלט קובץ מ-DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). זה
קורא את הקואורדינטות, את הקואורדינטות של ציר הסיבוב וקובץ אינדקס המכיל
התחומים. יתר על כן, הוא לוקח את האטום הראשון והאחרון של קובץ החץ כפקודה
ארגומנטים של קו (ראש וזנב) ולבסוף הוא לוקח את וקטור התרגום (נתון ב
קובץ המידע של DynDom) וזווית הסיבוב (גם כארגומנטים של שורת הפקודה). אם הזווית
נקבע על ידי DynDom נתון, צריך להיות מסוגל לשחזר את המבנה השני המשמש
יצירת פלט DynDom. בגלל דיוק מספרי מוגבל זה צריך להיות
מאומת על ידי מחשוב RMSD הכל-אטום (באמצעות GMX מאשרים) ולא על ידי השוואת קבצים
(באמצעות diff).

מטרת תוכנית זו היא לבצע אינטרפולציה ואקסטרפולציה של הסיבוב כפי שנמצא על ידי
DynDom. כתוצאה מכך מבנים לא פיזיים עם קשרים ארוכים או קצרים, או אטומים חופפים
ניתן לייצר. ייתכן שיהיה צורך בבדיקה חזותית ומזעור אנרגיה כדי לאמת
המבנה.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
קובץ נתונים של חלבונים

-n [<.ndx>] (domains.ndx)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xtc/.trr/...>] (rotated.xtc)
מַסלוּל: xtc trr gro g96 pdb tng

אפשרויות אחרות:

-צבוץ ראשון (0)
זווית סיבוב סביב וקטור סיבוב

-lastangle (0)
זווית סיבוב סביב וקטור סיבוב

-nframe (11)
מספר השלבים במסלול

-maxangle (0)
זווית סיבוב נקבעה על ידי DymDom סביב וקטור סיבוב

-עָבָר (0)
תרגום (אנגסטרום) לאורך וקטור סיבוב (ראה קובץ מידע DynDom)

-רֹאשׁ (0 0 0)
האטום הראשון של וקטור החץ

-זָנָב (0 0 0)
האטום האחרון של וקטור החץ

השתמש ב-gmx-dyndom באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net