gmx-make_ndx - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-make_ndx - יצירת קבצי אינדקס

תַקצִיר

gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-נאוטומים ] [-[לא]תאום]

תיאור

קבוצות אינדקס נחוצות כמעט לכל תוכנית GROMACS. כל התוכניות הללו יכולות
צור קבוצות אינדקס ברירת מחדל. עליך להשתמש רק ב GMX make_ndx כשאתה צריך מיוחד
קבוצות אינדקס. יש קבוצת אינדקס ברירת מחדל עבור כל המערכת, 9 קבוצות אינדקס ברירת מחדל
עבור חלבונים, וקבוצת אינדקס ברירת מחדל נוצרת עבור כל שם שארית אחר.

כאשר לא סופק קובץ אינדקס, גם GMX make_ndx ייצור את קבוצות ברירת המחדל. עם
בעורך האינדקסים ניתן לבחור לפי שמות ומספרים של אטומים, שאריות ושרשרת. כאשר ריצה
קובץ קלט מסופק, ניתן גם לבחור לפי סוג אטום. ניתן להשתמש ב-NOT, AND ו-OR,
ניתן לפצל קבוצות לשרשראות, שאריות או אטומים. ניתן למחוק ולשנות את שמם של קבוצות.

מספור האטומים בעורך ובקובץ האינדקס מתחיל ב-1.

השמיים -תְאוֹם המתג משכפל את כל קבוצות האינדקסים עם היסט של -נאוטומים, וזה שימושי
עבור מערכי ממברנה דו-שכבתית באלקטרופיזיולוגיה חישובית.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (אופציונלי)
קובץ מבנה: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.ndx>] (index.ndx)
קובץ אינדקס

אפשרויות אחרות:

-נאוטומים (0)
הגדרת מספר אטומים (ברירת מחדל: קריאה מקובץ קואורדינטות או אינדקס)

-[לא]תאום (לא)
שכפל את כל קבוצות האינדקס עם היסט של -natoms

השתמש ב-gmx-make_ndx באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net