gmx-msd - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-msd - מחשב תזוזות מרובעות ממוצעות

תַקצִיר

gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-מול [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-אתה ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ]
[סוג ] [-צְדָדִי ] [-[לא] עשר] [-קבוצה ]
[-[לא]מוו] [-[no]rmcomm] [-tpdb ] [-trestart ]
[-התחל כושר ] [-endfit ]

תיאור

GMX msd מחשב את התזוזה המרובעת הממוצעת (MSD) של אטומים מקבוצה של ראשוניים
עמדות. זה מספק דרך קלה לחשב את קבוע הדיפוזיה באמצעות איינשטיין
יַחַס. הזמן בין נקודות הייחוס לחישוב MSD נקבע עם
-trestart. קבוע הדיפוזיה מחושב על ידי ריבועים קטנים המתאימים לקו ישר
(D*t + c) דרך ה-MSD(t) מ -התחל כושר ל -endfit (שים לב שזה הזמן מה
עמדות ייחוס, לא זמן סימולציה). נתון אומדן שגיאה, שהוא ה
הבדל של מקדמי הדיפוזיה המתקבלים מהתאמה על שני חצאי ההתאמה
מרווח.

ישנן שלוש אפשרויות, שסותרות זו את זו, לקבוע סוגים שונים של ריבוע ממוצע
תְזוּזָה: סוג, -צְדָדִי ו -עשר. אוֹפְּצִיָה -עשר כותב את טנסור ה-MSD המלא עבור כל אחד מהם
הקבוצה, הסדר בפלט הוא: trace xx yy zz yx zx zy.

If -מול מוגדר, GMX msd מתווה את ה-MSD עבור מולקולות בודדות (כולל ייצור מולקולות
שלם על פני גבולות תקופתיים): עבור כל מולקולה בודדת קבוע דיפוזיה הוא
מחושב עבור מרכז המסה שלו. קבוצת האינדקס הנבחרת תפוצל למולקולות.

דרך ברירת המחדל לחישוב MSD היא באמצעות ממוצעים משוקלל המוני. אפשר להפוך את זה
יוצא עם -נום.

עם האופציה -rmcomm, ניתן להסיר את מרכז תנועת המסה של קבוצה מסוימת. ל
מסלולים המיוצרים עם GROMACS זה בדרך כלל לא הכרחי, כמו GMX mdrun בְּדֶרֶך כְּלַל
כבר מסיר את מרכז תנועת המסה. כאשר אתה משתמש באפשרות זו ודא כי
כל המערכת מאוחסנת בקובץ המסלול.

מקדם הדיפוזיה נקבע על ידי רגרסיה ליניארית של ה-MSD, שם, שלא כמו עבור
הפלט הרגיל של D, הזמנים משוקללים לפי מספר ההפניה
נקודות, כלומר לזמנים קצרים יש משקל גבוה יותר. גם מתי -beginfit``=-1,מתאים התחלות at
10% ו מתי ``-endfit``=-1, הוֹלֵם הולך ל 90%. שימוש זֶה אוֹפְּצִיָה אחד גם מקבל an
מדויק שגיאה לְהַעֲרִיך מבוסס on מה היא סטטיסטיקה בֵּין בנפרד מולקולות. הערות זֶה
זֶה שידור מקדם ו שגיאה לְהַעֲרִיך יש לו רק מדויק מתי מה היא MSD is לחלוטין
קווים בֵּין ``-התחל כושר ו -endfit.

אפשרות -pdb כותב א .pdb קובץ עם הקואורדינטות של המסגרת בזמן -tpdb בתוך ה
שדה B-factor השורש הריבועי של מקדם הדיפוזיה של המולקולה. אפשרות זו
מרמז על אפשרות -מול.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (msd.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-מול [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-pdb [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (אופציונלי)
קובץ נתונים של חלבונים

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-אתה (נ.ב)
יחידה לערכי זמן: fs, ps, ns, us, ms, s

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

סוג (לא)
חישוב מקדם דיפוזיה בכיוון אחד: לא, x, y, z

-צְדָדִי (לא)
חשב את הדיפוזיה הרוחבית במישור המאונך ל: no, x, y, z

-[לא] עשר (לא)
חשב את הטנזור המלא

-קבוצה (1)
מספר הקבוצות לחישוב MSD עבורן

-[לא]מוו (כן)
MSD משוקלל המוני

-[no]rmcomm (לא)
הסר את מרכז תנועת המסה

-tpdb (0)
המסגרת לשימוש עבור אפשרות -pdb (נ.ב)

-trestart (10)
זמן בין נקודות התחלה מחדש במסלול (ps)

-התחל כושר (-1)
זמן התחלה להתאמת ה-MSD (ps), -1 הוא 10%

-endfit (-1)
זמן סיום להתאמת ה-MSD (ps), -1 הוא 90%

השתמש ב-gmx-msd באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net