gmx-velacc - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-velacc - חישוב פונקציות אוטוקורלציה של מהירות

תַקצִיר

gmx velacc [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-עֶצֶם [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-[לא]מ] [-[אין]מתכון]
[-[לא]מול] [-acflen ] [-[לא]לנרמל] [-P ]
[-fitfn ] [-התחל כושר ] [-endfit ]

תיאור

GMX ולאק מחשב את פונקציית האוטוקורלציה של המהירות. כאשר ה- -m נעשה שימוש באפשרות,
פונקציית האוטוקורלציה של המומנטום מחושבת.

עם אפשרות -מול פונקציית האוטוקורלציה של המהירות של המולקולות מחושבת. בפעולה זו
במקרה כזה, קבוצת האינדקס צריכה להיות מורכבת ממספרי מולקולות במקום ממספרי אטומים.

ודא שהמסלול שלך מכיל מסגרות עם מידע על מהירות (למשל נסטוואוט היה
הגדר במקור שלך .mdp קובץ), וכי מרווח הזמן בין נקודות איסוף הנתונים
קצר בהרבה מסולם הזמן של האוטוקורלציה.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
מסלול דיוק מלא: trr CPT tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (אופציונלי)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (vac.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-עֶצֶם [<.xvg>] (spectrum.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[לא]מ (לא)
חשב את פונקציית האוטוקורלציה של המומנטום

-[אין]מתכון (כן)
השתמש ב- cm^-1 על ציר ה-X במקום ב- 1/ps עבור ספקטרום.

-[לא]מול (לא)
חשב את המהירות acf של מולקולות

-acflen (-1)
אורך ה-ACF, ברירת המחדל היא מחצית ממספר הפריימים

-[לא]לנרמל (כן)
נרמל ACF

-P (0)
סדר פולינום Legendre עבור ACF (0 מציין שאין): 0, 1, 2, 3

-fitfn (ללא)
פונקציית התאמה: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-התחל כושר (0)
זמן היכן להתחיל את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם

-endfit (-1)
הזמן שבו לסיים את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם, -1 הוא עד ל-
סוף

השתמש ב-gmx-velacc באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net