זוהי הפקודה gt-chseqids שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
gt-chseqids - שינוי מזהי רצף לפי המיפוי שניתן בקובץ המיפוי.
תַקצִיר
gt צ'סקידים [אפשרות ...] קובץ_מיפוי [קובץ_GFF3]
תיאור
-סוג [כן|לא]
מיין את תכונות GFF3 לאחר שינוי מזהי הרצף (צריכת הזיכרון היא
(פרופורציונלי לגודל קובץ הקלט) (ברירת מחדל: לא)
-v [כן|לא]
להיות מילולי (ברירת מחדל: לא)
-o [שם הקובץ]
הפנה פלט לקובץ שצוין (ברירת מחדל: לא מוגדר)
-gzip [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס של gzip (ברירת מחדל: לא)
-bzip2 [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס bzip2 (ברירת מחדל: לא)
כוח [כן|לא]
לכפות כתיבה לקובץ פלט (ברירת מחדל: לא)
עזרה
הצג עזרה וצא
-הפך
להציג מידע על הגרסה ולצאת
פורמט קובץ עבור mapping_file:
קובץ המיפוי שסופק מגדיר טבלת מיפוי בשם "chseqids". הוא ממפה את
ערכי אזור-רצף שניתנו בקובץ GFF3 לשמות אחרים. ניתן להגדיר זאת כ
התעופה
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
כאשר משתמשים בדוגמה זו, כל מזהי הרצף "chr1" ישתנו ל-"seq1" וכל
מזהי הרצף "chr2" עד "seq2".
דיווח באגים
דווח על באגים לgt-users@genometools.org>.
השתמש ב-gt-chseqids באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net