gt-ltrharvest - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gt-ltrharvest - חזות רטרוטרנספוזונים של LTR.

תַקצִיר

gt ltrharvest [אפשרות ...] -אינדקס

תיאור

-אינדקס [מחרוזת]
ציין את השם של אינדקס מערך הסיומת המשופרת (חובה) (ברירת מחדל: לא מוגדר)

-טווח [התחלה סוף]
ציין טווח ברצף/ים הקלט שבהם מחפשים צמדי LTR (ברירת מחדל:
[0..0])

-זֶרַע [ערך]
ציין אורך זרע מינימלי עבור חזרות מדויקות (ברירת מחדל: 30)

-minlenltr [ערך]
ציין אורך מינימלי עבור כל LTR (ברירת מחדל: 100)

-maxlenltr [ערך]
ציין אורך מקסימלי עבור כל LTR (ברירת מחדל: 1000)

-mindistltr [ערך]
ציין מרחק מינימלי של עמדות התחלה של LTR (ברירת מחדל: 1000)

-maxdistltr [ערך]
ציין מרחק מרבי של עמדות התחלה של LTR (ברירת מחדל: 15000)

-דוֹמֶה [ערך]
ציין סף דמיון בטווח [1..100%] (ברירת מחדל: 85.000000)

-mintsd [ערך]
ציין אורך מינימלי עבור כל TSD (ברירת מחדל: 4)

-maxtsd [ערך]
ציין אורך מקסימלי עבור כל TSD (ברירת מחדל: 20)

-מוֹטִיב [מחרוזת]
ציין 2 נוקלאוטידים מתחיל מוטיב + 2 נוקלאוטידים אנמוטיב: ** (ברירת מחדל: לא מוגדר)

-מוטיבמיס [ערך]
ציין את המספר המרבי של אי-התאמות במוטיב [0,3] (ברירת מחדל: 4)

-vic [ערך]
ציין את מספר הנוקלאוטידים (משמאל ומימין) שיחפשו
עבור TSDs ו/או מוטיבים סביב גבול 5' ו-3' של רטרוטרנספוזונים LTR חזויים
(ברירת מחדל: 60)

-חפיפה [...]
ציין no|best|all (ברירת מחדל: הטוב ביותר)

-xdrop [ערך]
ציין xdropbelowscore עבור יישור הרחבה (ברירת מחדל: 5)

-מַחצֶלֶת [ערך]
ציין ציון התאמה עבור יישור הרחבה (ברירת מחדל: 2)

-רַע [ערך]
ציין ציון חוסר התאמה עבור יישור הרחבה (ברירת מחדל: -2)

-פנים [ערך]
ציין ציון הכנסה עבור יישור הרחבה (ברירת מחדל: -3)

-דל [ערך]
ציין ניקוד מחיקה עבור יישור הרחבה (ברירת מחדל: -3)

-v [כן|לא]
מצב מילולי (ברירת מחדל: לא)

-טאבוט [כן|לא]
לְהַצִיג זקן פלט טבלאי במקום GFF3 ב-stdout (ברירת מחדל: כן)

- סקידים [כן|לא]
השתמש בתיאורי רצף במקום מספרי רצף בפלט GFF3 (ברירת מחדל: לא)

-md5 [כן|לא]
הוסף גיבוב MD5 ל-seqids בפלט GFF3 (ברירת מחדל: לא)

-פלט ארוך [כן|לא]
פלט מוטיב/TSD נוסף (ברירת מחדל: לא)

אאוט [מחרוזת]
ציין שם קובץ פלט של FASTA (ברירת מחדל: לא מוגדר)

- חיצוני [מחרוזת]
ציין שם קובץ פלט של FASTA עבור אזורים פנימיים (ברירת מחדל: לא מוגדר)

-gff3 [מחרוזת]
ציין שם קובץ פלט GFF3 (ברירת מחדל: לא מוגדר)

-לְקַזֵז [ערך]
היסט נוסף לקואורדינטות GFF3 (ברירת מחדל: 0)

-לִסְרוֹק [כן|לא]
סרוק את האינדקס ברצף במקום למפות אותו לזיכרון לחלוטין (ברירת מחדל: כן)

עזרה
הצג עזרה עבור אפשרויות בסיסיות ויציאה

-עזרה+
הצג עזרה עבור כל האפשרויות וצא

-הפך
להציג מידע על הגרסה ולצאת

נוֹסָף מידע

למידע מפורט, אנא עיין במדריך של ltrharvest.

דיווח באגים

דווח על באגים לgt-users@genometools.org>.

השתמש ב-gt-ltrharvest באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net