hmm-assembler.pl - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

hmm-assembler.pl - מודול SNAP hmm-assembler.pl

תַקצִיר

hmm-assembler.pl [-אפשרויות [-אפשרויות נוספות]] [--] [PROGRAM_ARG1 ...]

אפשרויות

השמיים הבא בעל תו בודד אפשרויות יש לו מְקוּבָּל:
עם טיעונים: -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c

בוליאנית (ללא טיעונים): -r -o -x -p -t -1

אפשר למזג אפשרויות ביחד. -- מפסיק את עיבוד האפשרויות. אין צורך במקום
בין האפשרויות והטיעונים שלהן.

אפשרויות:

-i [500]

-e [1000]

-A [0:30]

-D [0:9]

-M [0:15]

-S [0:9]

-C [4]

-I [4]

-N [4]

-3 [] כולל מודל 3'UTR, דורש -a

-a [] כולל מודל PolyA, דורש -3

-5 [] כולל 5'UTR moel, דורש -p

-p כולל מודל מקדם גנרי, דורש -5

-r כולל מודל חוזר גנרי

-o כולל דגם ORF הפוך

-x השתמש במודל אינטרון משך מפורש

-t כולל C.elegans trans-splicing, דורש -p, -5

-Z מגדיר ערכים ספציפיים לקלייד (תולעת, זבוב, צמח)

-1 מודל גן יחיד

-c
כולל דגם תורם שחבור GC-AG

השתמש ב-hmm-assembler.pl באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net