זוהי הפקודה hmmfetch שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
hmmfetch - אחזור פרופילי HMM מקובץ
תַקצִיר
המממפטץ' [אפשרויות]
(מאחזר HMM בשם )
המממפטץ' -f [אפשרויות]
(מאחזר את כל ה-HMMs המפורטים ב )
המממפטץ' --אינדקס [אפשרויות]
(אינדקסים לצורך אחזור)
תיאור
מאחזר במהירות HMM אחד או יותר מפרופיל (מסד נתונים גדול של Pfam, עבור
דוגמא).
למהירות מרבית, ה- יש לאינדקס תחילה, באמצעות המממפטץ' --אינדקס. ה
אינדקס הוא קובץ בינארי בשם .ssiעם זאת, זה אופציונלי, והאחזור יתבצע
עדיין עובדים מקבצים לא אינדקסים, אם כי הרבה יותר לאט.
מצב ברירת המחדל הוא לאחזר פרופיל יחיד לפי שם או גישה, הנקרא .
לדוגמה:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
עם -f אפשרות, א המכיל רשימה של מפתח אחד או יותר נקרא במקום זאת.
השדה הראשון המופרד ברווחים לבנים בכל שורה שאינה ריקה של הערות
משמש כ , וכל נתון שנותר בשורה מתעלם. זה מאפשר מגוון
של קבצי נתונים מופרדים ברווחים לבנים שישמשו כ ש.
כשמשתמש -f וכן , אם hmmfile נוספה לאינדקס, המפתחות מאוחזרים ב-
סדר שהם מתרחשים ב קובץ מפתח, אבל אם hmmfile אינו מאונדקס, המפתחות מאוחזרים ב-
סדר שהם מתרחשים ב hmmfileזוהי תופעת לוואי של יישום המאפשר
מספר מפתחות שיש לאחזר גם אם הוא זרם שאינו ניתן להרצה אחורה, כמו
צינור כניסה סטנדרטי.
בשימוש רגיל (ללא --אינדקס or -f אפשרויות), עשוי להיות '-' (מקף), שפירושו
קריאת קלט מ סטדין במקום קובץ. עם ה --אינדקס אוֹפְּצִיָה, אולי לא
להיות '-'; אין זה הגיוני לאנדקס זרם קלט סטנדרטי. עם ה- -f אוֹפְּצִיָה,
או or (אך לא שניהם) עשויים להיות '-'. זה לעתים קרובות שימושי במיוחד
לקרוא מקלט סטנדרטי, מכיוון שזה מאפשר שימוש בפקודה שרירותית
קריאות שורה כדי ליצור רשימה של שמות HMM או רישומים, ולאחר מכן להביא את כולם לרשימה חדשה
קובץ, רק עם פקודה אחת.
כברירת מחדל, קובצי HMM שנאספו מודפסים לפלט סטנדרטי בפורמט HMMER3.
אפשרויות
-h עֶזרָה; הדפס תזכורת קצרה לגבי השימוש בשורת הפקודה וכל האפשרויות הזמינות.
-f הארגומנט השני של שורת הפקודה הוא א במקום סינגל . ה
השדה הראשון בכל שורה של משמש כאחזור (שם HMM
או הצטרפות). קווים ריקים ושורות הערה (שמתחילים בתו #) הם
התעלם.
-o פלט HMM(s) לקובץ במקום לפלט סטנדרטי.
-O פלט HMM(ים) לקובץ(ים) בודדים בשם במקום פלט סטנדרטי. עם
מה היא -f אפשרות, זה יכול לגרום ליצירת קבצים רבים.
--אינדקס
במקום לאחזר פרופיל אחד או יותר מ , אינדקס את ל
אחזורים עתידיים. זה יוצר א .ssi קובץ אינדקס בינארי.
השתמש ב-hmmfetch באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net