khmer - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

קמר - ספירת k-mer, סינון ומעבר גרפים FTW!

khmer היא ספרייה וערכת כלים לביצוע ניתוח נתונים וטרנספורמציות מבוססות k-mer

תַקצִיר

קמר [אפשרויות] טוען

לְמָשָׁל.

קמר עומס לתוך ספירה -x 1e8 -k 20 reads.ct reads.fa.gz

נוהג

דף ניהול זה מתאר רק את קמר תסריט עטיפה. למידע על התוכנה ו
כיצד להשתמש בו אנא ראה /usr/share/doc/khmer או אחר http://khmer.readthedocs.org/.

ב-Debian/Ubuntu, מנהלי החבילות נמנעים מהצבת אוספים גדולים של סקריפטים ישירות
לתוך מערכת PATH. במקום זאת, נעשה שימוש בסקריפט מעטפת יחיד כדי להפעיל את הסקריפט שאתה
רוצה להשתמש; לכן אם הוראות החמר אומרות לרוץ load-into-counting.py
...מה שתגיד... אתה צריך להוסיף את הקידומת של הפקודה הזו קמר. יתר על כן, סיומת py
ניתן להשמיט, וכתוצאה מכך פקודה בפורמט המוצג לעיל.

אם אתה לא אוהב את זה, פשוט הוסף את /usr/lib/khmer/bin ל-PATH האישי שלך.

השתמש ב-khmer באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net